В Литовском княжестве 95 % населения составляли русские, и многие пограничные князья, такие, как Бельский, Одоевские и Воротынские, перешли на московскую службу. Пока Иоанн III на переговорах с литовскими послами утверждал, что никакой войны с Литвой нет, его войска уже сражались за Вязьму, Мещовск, Любутск, Мезецк и другие города. «Якобы не бывшая» война привела к заключению договора 1494 года, по которому московскому государю достались земли всех перешедших к нему князей. Великий князь литовский Александр думал утихомирить Иоанна, женившись на его дочери Елене, но просчитался.
1493. — Иоанн III принял титул государя всея Руси.
1494. — Разгром ганзейского подворья в Новгороде.
Что же в это время происходило между Москвой и Казанью? Формально равные между собою государи, совершенно независимые один от другого, регулировали свои отношения договорами, которые скреплялись присягой. При скреплении договора казанское правительство приносило присягу, но на верность не Великому князю, а своему договору. Русский государь в свою очередь давал крёстное целование при заключении договоров между обоими государствами. Конечно, таковыми были формальные отношения между Казанским ханством и русским правительством; фактически степень русского влияния на дела соседнего государства в значительной степени колебалась
Договоры этого периода обычно заключали в себе три условия: казанское правительство обязывалось 1) не воевать против России, 2) не выбирать себе нового хана без согласия Великого князя, 3) охранять интересы русских людей, находящихся в ханстве. Русские граждане находились в ханстве в положении граждан как бы наиболее благоприятствуемой державы и пользовались покровительством местной государственной власти, которая должна была охранять их интересы.
Последний пункт показывает, что в пределах Казанского ханства проживало значительное количество русских людей: купцов, промышленников и предпринимателей, и что русское правительство старалось обеспечить их безопасность, неприкосновенность товаров, возмещение убытков и прочие торговые интересы (при этом в Казани было немало русских рабов). Вообще преобладание торговых интересов сильно звучит в договорах, по существу всё дело сводилось к борьбе за рынки, — очевиден экономический характер соперничества между обоими государствами.
Собираясь вступить в брак с дочерью ногайского князя Мусы, Мухаммед-Эмин осведомился у союзного русского государя, не имеет ли он что-либо против этого брака. Ведь такие дела были в значительной степени актом иностранной политики, и при неблагоприятных обстоятельствах могли вызвать дипломатические осложнения. Выбор невесты не вызвал никакого протеста, и брак был заключён.
«Русская партия, захватившая власть при помощи иностранного войска, не была популярной в стране, — пишет М. Худяков. — Несмотря на казнь виднейших вождей, восточная партия не была уничтожена, и к середине 1490-х годов оппозиция правительству вполне сформировалась. Во главе оппозиции стояли 4 представителя казанской аристократии — князья Кель-Ахмед, Урак, Садыр и Агиш».
Михаил Георгиевич Худяков (1894–1936) — один из самых серьёзных и скрупулёзных исследователей казанской истории. Раз уж он пишет, что хан Мухаммед-Эмин и русская партия не были популярны в Казани, — видимо, у части населения, — по той причине, что они пришли к власти с иностранной помощью, значит, так оно и есть. Но мы с вами должны отдавать себе отчёт в политизированности тех источников, на основании которых учёный делал свои выводы. Восточная партия была недовольна тем, что хан пришёл к власти с иностранной помощью, — и что же она сделала? Она решила опереться на иностранную военную поддержку, а кандидатом на ханский престол наметила сибирского царевича Мамука!
Оказывается, Мухаммед-Эмин поступил очень дальновидно, женившись на ногайской принцессе. Ногайское правительство было настроено к казанским властям лояльно, а сибирское правительство хана Ибака поддерживало казанских эмигрантов и оппозиционеров.
Весной 1495 года претендент двинулся к Казани с многочисленным войском, но казанское правительство, узнав об этом, попросило у Москвы поддержки. Русское правительство отправило на помощь из Нижнего пограничный отряд. Руководители восточной партии бежали из столицы; русский отряд вступил в Казань; сибирское войско приостановило своё наступление; русский отряд покинул Казань и вернулся в Россию. Тогда сибирское войско быстро подступило к Казани, и столица сдалась без сопротивления. Хан Мухаммед-Эмин с семейством и своими приверженцами успел бежать в пределы России, а ханом был немедленно провозглашён царевич Мамук.
1495. — Начало войны со Швецией (1495–1497).