Никон был человеком бескомпромиссным и прямолинейным. Как личный друг царя, ставший патриархом при его содействии, он стал претендовать на государственную власть, демонстративно подчёркивая превосходство духовной власти над светской, — вопреки объективно противоположному процессу. Во время отсутствия Алексея Михайловича он занимал его место. В приговорах Боярской думы появилась формулировка: «светлейший патриарх указал, и бояре приговорили». Можно сказать, он потерял политическое чутьё, а затем и доверие Алексея Михайловича. Начался закат его карьеры.
1658. — После конфликта с царём Никон слагает с себя патриаршество и удаляется в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. Начало междупатриаршества; местоблюстителем патриаршего престола ставится Крутицкий митрополит Питирим. Учреждение Вятской и Великопермской епископий. Решение чёрного Собора Соловецкого монастыря о неприятии новопечатных исправленных книг.
1660. — Собор, созванный царём Алексеем Михайловичем по делу патриарха Никона, постановляет признать его самовольно оставившим престол, и приступить к избранию нового патриарха. Однако исполнено это решение не было.
1662. — Во время литургии в Воскресенском монастыре Никон проклинает Крутицкого митрополита Питирима, местоблюстителя патриаршего престола. Царь Алексей Михайлович издаёт указ созвать Собор с участием Вселенских патриархов по делу Никона.
1663. — Никон пишет книгу «Возражения» в ответ на выдвигающиеся против него обвинения. Приговор старцев Соловецкого монастыря о неприятии новых книг и обрядов.
Итак, в 1660 году Никон де-факто ушёл с поста патриарха, надеясь на будущее возвращение победителем. Однако светская власть отодвинула его навсегда: с 1660 и до 1667 года Алексей Михайлович уже сам решал все церковные вопросы. А потом он руками других «греческих иерархов» типа Паисия Лигарида вообще убрал переоценившего своё значение патриарха: церковный собор 1666 года вынес приговор о его низложении и ссылке простым монахом в северный Ферапонтов монастырь. Правда, тогда же было объявлено проклятие всем противникам реформы, и отлучены от церкви протопоп Аввакум, дьякон Фёдор и поп Никита за отказ признать исправления в книгах и обряде; затем их заточили в Николо-Угрешский монастырь.
Царь Алексей Михайлович надеялся, что реформа не только поможет в международных делах, но и уменьшит роль Церкви, как ограничителя на пути проводимой модернизации страны. А патриарх, возможно, так и не понял, что произошло. Государству требовались перемены во взаимоотношениях с Церковью, чтобы она не только Божью проповедь вела, но была бы инструментов влияния государства на народ. То есть, царю нужна была
И при Никоне, и позже реформа проводилась с элитарных позиций, сбрасывала со счётов мнение народа. Никониане ставку делали на «внешнюю мудрость», представляя суть полемики как конфликт между знанием и невежеством. Представители же старой традиции не могли с этим согласится. Протопоп Аввакум очень красочно характеризовал своих противников, сторонников церковных нововведений:
«Мудрёны вы со дьяволом! Нечего рассуждать. Да нечева у вас и послушать доброму человеку: всё говорите, как продавать, как покупать, как есть, как пить, как баб блудить, как робят в олтаре за афедрон хватать. А иное мне и молвить тово сором, что вы делаете: знаю всё ваше злохитрство, собаки, бляди, митрополиты, архиепископы, никонияне, воры, прелагатаи, другие немцы русския».
Немаловажно, что до середины XVII века отправление обрядов