В самые последние дни царствования Фёдора Алексеевича был составлен проект высшего училища, так называемой Греко-Латинской академии, но учреждена она была уже после смерти Фёдора; первыми её учителями стали вызванные с Востока учёные братья Лихуды, Иоаникий и Сафроний, а здание было построено стараниями князя В. В. Голицына.
А. С. Пушкин в «Истории Петра I» писал:
«София возвела любимца своего князя [Василия Васильевича] Голицына на степень великого канцлера. Он заключил с Карлом XI (1683 г.) мир на тех же условиях, на коих был он заключён 20 лет прежде. Россия была в миру со всеми державами, кроме Китая, с которым были неважные ссоры за город Албазин при реке Амуре. Бояре, приверженные к Петру, назначили ему в обер-гофмейстеры князя Бориса Алексеевича Голицына. Оно владел до веренностию молодого царя и делал перевес на его сторону. Многие бояре, а особливо дети их, перешли на сторону Петра».
Разрастался конфликт двух царственных семей: в одной властвовала Софья, в другой первым человеком была царица Наталья Кирилловна, мать Петра. Семейная распря породила две враждебные партии людей, связавших себя с теми или другими. Со стороны Софьи двигателем в этой истории был думный дьяк, начальник стрелецкого войска Фёдор Леонтьевич Шакловитый, а с противоположной стороны — брат царицы Лев Кириллович Нарышкин и князь Борис Алексеевич Голицын, «дядька» (воспитатель) Петра. Обе партии имели многих приверженцев во всех слоях общества; у Нарышкиных были сторонники даже среди стрельцов, подчинённых Шакловитого.
В январе 1684 года Софья женила своего младшего брата Ивана на Прасковье Фёдоровне Салтыковой, а 12-летний Пётр получил полную свободу: подружился с иностранцами, с помощью женевца Лефорта изучил голландский язык, занимался военными играми; переодел свою потешную роту в немецкое платье. В этой роте сам Пётр был барабанщиком и за отличие произведён в сержанты, — что явно контрастировало с попытками фаворита Софьи князя В. В. Голицына возобновить местничество, ради чего была учреждена комиссия под начальством князя В. Д. Долгорукова и окольничего Чаадаева.
А. С. Пушкин пишет так:
«Бояре с неудовольствием смотрели на потехи Петра и предвидели нововведения. По их наущению сама царица и патриарх увещевали молодого царя оставить упражнения, неприличные сану его. Пётр отвечал с досадою, что во всей Европе царские дети так воспитаны, что и так много времени тратит он в пустых забавах, в которых ему, однако ж, никто не мешает, и что оставить свои занятия он не намерен».
Понятно, что уже в 12 лет Пётр не был избалованным ребёнком, бегущим учёбы ради развлечений.
Далее Пушкин рассказывает историю о том, как бояре хотели внушить Петру любовь к другим забавам и пригласили его на охоту. А он то ли сам, то ли по совету своих любимцев, вздумал пошутить над ними: притворно согласился; назначил охоту, но приехав объявил, что с холопями тешиться не намерен, а хочет, чтобы только господа участвовали в царском увеселении:
«Псари отъехали, отдав псов в распоряжение господ, которые не умели с ними справиться. Произошло расстройство. Собаки пугали лошадей; лошади несли, седоки падали, собаки тянули снуры, надетые на руки неопытных охотников. Пётр был чрезвычайно доволен — и на другой день, когда на приглашение его ехать на соколиную охоту господа отказались, он сказалим: „Знайте, что царю подобает быть воином, а охота есть занятие холопское“».