Изгнанные из Москвы стрельцы вернулись в свои полки на границу, принеся туда московские разговоры и царевнины грамоты, а 28 мая пришёл указ: переходить в смоленские и тверские города впредь до указа, а бегавших в Москву послать в Малороссию на вечное житьё с жёнами и детьми. Стрельцам бы согласиться, но они отказались выдать товарищей, ходивших в Москву: «Мы за них не стоим, — отвечали стрельцы на требование командиров, — да мочи нашей нет их выдать». Теперь уже беглецы мутили войско из чувства самосохранения; началось открытое сопротивление власти.
Вот после этого стрельцы постановили, что надо идти к Москве, бить бояр, бить немцев, и даже были более решительные предложения: «государя в Москву не пустить и убить, за то, что почал веровать в немцев, сложился с немцами». Сменив полковников и капитанов на новых, выборных, стрельцы двинулись на Москву; тут-то и разбили их войска боярина Шеина и генерала Гордона.
Петра розыск, произведённый Шеиным, не удовлетворил, судя по тому, что, получив известия об этих событиях, он отписал Ромодановскому: «
И всё же для царя проблема была не в стрельцах, а в тех силах, которые стояли за ними. Тайными пружинами, приводившими в движение их полки, были, конечно, интриги Софьи и Милославских; но боярину Шеину не по рангу было расследовать такое дело. Вот почему Пётр начал новое следствие: надо было вырвать корни мятежей.
26 августа 1698 года по Москве разнёсся слух, что накануне приехал царь в мрачном настроении: не был во дворце у жены, вечер провёл в Немецкой слободе, на ночь уехал в Преображенское. С середины сентября повезли в Москву разосланных ранее по тюрьмам и монастырям стрельцов, и всего свезли их до 1700 человек.
«Начались страшные допросы и пытки в 14 застенках в Преображенском, под руководством знаменитого своею жестокостью начальника Преображенского приказа кн. Ф. Ю. Ромодановского, которого сам Пётр называл „зверем“».
С 30 сентября начались массовые казни, и затем продолжались весь октябрь. 17 октября в Преображенском в присутствии царя головы осуждённым рубили приближённые; всех превзошёл «Алексашка», будущий светлейший князь Меншиков, хвалившийся тем, что отрубил двадцать голов. Всего за октябрь казнено было до 1000 стрельцов; 195 из них были повешены под Девичьим монастырём перед кельей Софьи, где и висели пять месяцев. Саму бывшую правительницу постригли под именем Сусанны.
Ошеломляющие события 1698 года страшно подействовал и на московское общество, и на самого Петра. В обществе слышался ропот на жестокости, на новшества, на иностранцев, «сбивших царя с пути». На это царь отвечал новыми репрессиями. Однако, ведь с дезертирами и мятежниками всегда и везде обходятся достаточно сурово!
С подавлением стрелецкого бунта (на деле — с разгромом политической оппозиции со стороны
Основа славных дел