«О настроениях народа Мазепа, конечно, знал, и особенно его беспокоило обвинение, что он „поляк“, то есть униат или католик. Ненависть же против униатов и католиков была всеобщей. В этом вопросе весь народ был единодушен. Если в вопросах социальных Мазепа мог рассчитывать на поддержку некоторых высших классов и наёмного войска, то в вопросе религиозном господствовало редкое единодушие. Одного подозрения в униатстве было достаточно для самого жестокого самосуда. В церковных книгах бывшего сотенного местечка Карабугова сохранилось описание расправы с одним родственником сотника… Его били „киями“ (палками), а потом повесили перед церковью. Интересно…, что это осталось безнаказанным. На следствии, которое производил судья Нежинского полка, выяснилось, что повешенный „намовляв (подговаривал) пидкоритись папи Римському“. Этого было достаточно для прекращения дела».
Учитывая такие настроения, Мазепа, чтобы доказать своё православие, строил церкви, а также посылал богатые дары деньгами и имениями монастырям, в том числе Киевскому женскому, где игуменьей была его православная мать, Мария-Магдалина. Даже в Палестину послал он свой дар: художественной работы серебряную доску-антиминс. На доске выгравировано: «подаянием ясновельможного его милости пана Иоанна Мазепы, российского гетмана». Как видим, он сам называл себя российским гетманом. Надо полагать, он лучше знал, как себя назвать, чем его почитатели, посмертно переименовавшие его в «гетмана украинского». Но даже это не вызвало у народа симпатий и доверия к Мазепе: он всегда оставался чужим, «паном» и «поляком», и когда попытался опереться на народ при переходе к шведам — народ за ним не пошёл.
В 1692 году от Мазепы бежал его канцелярист Петрик, сначала на Запорожье, а потом к татарам, и начал выпускать и распространять призывы к свержению власти гетмана и старшин, «превратившихся в панов и вводящих польские порядки». Затем, с помощью части запорожцев и отряда татар Петрик вторгся в пределы южных полков, но был отбит верными Мазепе войсками. Четыре года беспокоил он Мазепу, и только в февраля 1696 года совместными усилиями казаков Мазепы и русских войск Шереметьева крымский хан с Белгородскими татарами были разбиты и почти полностью изрублены или потоплены в Ворскле и в Днепре. Погиб при этом и Петрик.
Затем появилась новая неприятность: правобережный гетман Самусь и его сподвижник полковник Палий своими успешными действиями против татар и защитой населения от польско-католических притеснений снискали необыкновенную популярность не только на Правобережьи, но и на подвластном Мазепе Левобережьи. Особенно Палий, который в глазах народа был легендарным героем. Не сумев справиться с ним, Мазепа использовал донос: в результате длительной и тонкой интриги ему удалось добиться, что Палий (как уроженец г. Борзны на Левобережьи) очутился в 1705 году в ссылке в Сибири.
Так, удачно выходя из всех затруднений, неизменно подчёркивая свою преданность России, Мазепа правил Левобережьем, принимая участие в походах Петра и на юге, и на западе, и в Прибалтике. Пётр осыпал его подарками и наградами, дал ему в потомственное владение целую волость в Великороссии, а когда учредил орден Андрея Первозданного, та Мазепа получил этот орден раньше самого Петра.
Так продолжалась верная служба Мазепы Петру до появления в северо-восточной Европе Карла XII, с его блистательными победами над всеми противниками. Когда же Карл вмешался в польские дела, в которых была заинтересована Россия, Мазепа решил затеять политическую игру, в надежде выиграть для себя более независимое положение. Ведь, несмотря на всё расположение к себе Петра, он всегда чувствовал его крутую волю и твёрдую руку: Пётр не терпел своеволия, столь обычного в польских шляхетско-магнатских кругах, в которых Мазепа получил своё политическое воспитание.