В ответ Пётр молниеносно, смешанным русско-казацким отрядом, захватил Сечь, и уничтожил её до основания. Командовали этой экспедицией полковник Галаган (сам бывший запорожец) и Яковлев. Спасшиеся запорожцы бежали на турецкую территорию и основали там новую Сечь, Карл же двинулся на юг на соединение с запорожцами и по пути хотел взять Полтаву. Когда это ему не удалось, он и начал осаду этого города, которая продолжалась безуспешно полтора месяца и закончилась известной Полтавской битвой. Шведы были разбиты наголову. Остатки войск бежали на запад к Днепру, бросив все обозы и артиллерию. У Переволочни их настиг Меншиков и казаки, и принудили к капитуляции. Спаслись только Карл и Мазепа, переправившись через Днепр первыми, да небольшой шведско-казачий отряд. Дальше бежали они на территорию Турции, в Бендеры, где и задержались продолжительное время. Здесь вскоре Мазепа умер и был торжественно похоронен в монастыре.
Несколько старшин, оказавшихся в Бендерах после смерти Мазепы, выбрала гетманом его ближайшего сотрудника Филипа Орлика, который совместно с Карлом начал усиленно уговаривать Турцию нарушить мир с Россией и начать войну. В 1710 Орлик с группой казаков, запорожцев и татар предпринял набег на Правобережье, но был разбит и отогнан обратно. В 1711-м, наконец, Турция начала войну, о которой мы ещё скажем (в главе «Разные „мелочи“»), — на эту войну подстрекали её Карл XII и Орлик, обещая помощь и запорожцев, и всего населения Украины, и верных Станиславу Лещинскому поляков.
Для России война оказалась неудачной. Но и Карлу с Орликом она многих успехов не принесла. Орлик уехал в Швецию; в дальнейшем жизнь его протекала в интригах среди иностранцев за расчленение России. Однако европейские государи, убедившись в невозможности оторвать от России Украину (из-за отсутствия сепарататистских настроений у её населения), прекратили выдачу подачек Орлику. Католическая церковь, верным сыном которой он был, по-видимому, ему тоже не помогла, и он умер в нищете в Молдавии в 1742 году.
Измена Мазепы и присоединение к нему некоторого числа старшин и казаков, а также выступление на стороне Карла запорожцев вызвали взрыв негодования во всей России; о прежнем доверии к гетманству не могло быть и речи. Неудивительно, что новый гетман — Скоропадский, сразу после избрания, несмотря на подтверждение Петром «прежних прав и вольностей», получил комиссара, с которым должен был согласовывать все свои мероприятия. В придачу Скоропадский находился «под башмаком» своей жены и давлением алчных старшин, буквально вырывавших у него
В 1721 году 10 000 ушли в поход на Персию — Индию. Между тем, находившийся при гетмане комиссар Протасьев в своём рапорте за 1720 год сообщил царю, что «в Малороссии самые последние чиновники добывают себе богатство от налогов, грабежа и винной торговли. Если кого определит гетман сотником, хотя из самых беднейших и слуг своих, то через один или два года явится у него двор, шинки, грунты, мельницы и всякие стада, и домовые пожитки».
Надо полагать, подобные рапорты комиссар подавал и раньше, ибо в архивах сохранился приказ ему Петра ещё за 1715 год: «строго смотреть за полковниками, чтобы они не обременяли народ взятками и разными налогами». А в 1722 году в инструкции Вельяминову, сменившему Протасьева, Пётр пишет: «препятствовать, с гетманского совета, Генеральной Старшине и полковникам изнурять работой казаков и посполитых людей». По словам А. Дикого, «как видно из … документов, оспаривать достоверность которых невозможно, защитником народа от притеснений его высших классов являлся Пётр». И несмотря на это, некоторые политически ангажированные «историки» уверяют, что Россия вообще угнетала весь украинский народ, а Пётр был «катом» (палачом). На деле же «катами» были свои же украинцы — старшины, а защитником от них был «москаль» Пётр. Это не значит, что жизнь населения Левобережья в эпоху Петра была лёгкой. Но если ту глубокую ломку всех сторон жизни, которую вызвали Петровские реформы, сравнить на Левобережьи и в остальной России, то нельзя не признать, что в Великороссии она была гораздо глубже, резче и болезненнее, чем на Украине.