Против него шла массированная контрреформаторская пропаганда. В 1607 году вышел очередной памфлет, направленный против «низкорожденного протестантского врага». Сциоппиус, перешедший снова в католичество и ставший большим другом иезуитов с 1598 года, был одним из самых ядовитых противников Скалигера. Он постарался дискредитировать происхождение, карьеру и ученость хронолога, выставил его как аморального знатока языческой непристойности настолько выпукло и ярко, что до XIX века, по словам Э. Графтона, «его карикатуру считали точным портретом».
Скалигер кое-как защищался. Он говорил, что Панвинио, Мюре и Мануцио принимали за должное претензии его отца считаться делла Скалой. Он отрицал обвинения в симпатиях к порнографии, говоря, что едва знает Петрония. Но насколько были опасны в XV–XVII веках обвинения в разврате в Западной Европе? Испытывал ли Скалигер неудобство из-за морального осуждения? Или в большей степени страдало его научное самолюбие?
Как бы то ни было, скалигеровский канон, его хронология, столь милая сердцам современных историков, выглядела более чем сомнительной в XVII веке, из-за чего европейские хронологи раскололись на множество сект. Скалигеровцы следовали впереди лишь одной из них, и то с трудом. Лишь более поздние протестантские ученые расчистили препятствия, чтобы путь Петавиуса, переведшего хронологию Скалигера в годы от Рождества Христова, был легким. Благодаря ему знакомая нам хронология Древнего мира стала догмой.
Вскоре появилась возможность ее проверки.
Первые раскопки в Геркулануме начались в 1711 году; в 1748-м дошло и до Помпей. Раскопки носили рекламный и коммерческий характер, ни о каких научных исследованиях речь в XVIII веке не шла. Первые раскопки в Афинах вело английское «Общество дилетантов» в 1751–1743 годах, – об их уровне говорить сегодня неловко.
Но уже первые, весьма поверхностные результаты начали порождать в обществе скептические настроения в отношении скалигеровской «истории». А итальянец Франческо Бьянкини утверждал, что археологические памятники дают совсем иное знание прошлого, чем письменные данные «древних» авторов. Реализацией его взглядов явилось опубликование «Всеобщей истории, изложенной по памятникам и изображенной в древних символах».
Основателем критического метода в классической филологии стал английский ученый Р. Бентли (1662–1742). Он исследовал письма одного из сицилийских тиранов VI века до н. э. Фалариса и путем тщательного и всестороннего анализа установил, что они являются не подлинником, а фальсификатом.
Джанбаттиста Вико (1668–1744), автор труда «Основания новой науки об общей природе наций» (теория циклов), установил, что гомеровские поэмы написаны разными авторами и в различные эпохи.
Барух Спиноза в «Богословско-политическом трактате» (1670) указал на многочисленные пропуски, противоречия, разрывы и повторы (дубликаты, как мы говорим сегодня) в тексте Ветхого Завета.
Критическая работа Пьера Бейля («Исторический и критический словарь», 1696) привела его к полному скептицизму; он отметил глубочайшие противоречия между источниками и пришел к выводу о невозможности установить в них какое-либо рациональное зерно.
Центром критической работы над античными источниками в XVIII веке стала основанная в 1701 году в Париже «Академия надписей и изящных искусств». В 1720-х годах в Академии развернулась ожесточенная дискуссия о достоверности римской истории. Член Академии Пуйи доказывал абсолютную легендарность римской исторической традиции и считал, что никаких достоверных источников по римской истории не существует. Такое же скептическое отношение к источникам вообще и к римской исторической традиции в частности развил Луи де Бофор в своей «Диссертации о недостоверности первых пяти веков римской истории» (1738).
Но скалигеровская хронология только крепчала. Абсолютное большинство авторов, переписывая книги своих предшественников, наслаивали тома «толкований» традиционной истории. Самое печальное, что школьные учебники составляли именно они, а не критики типа де Бофора.