В качестве военного врача Гааз участвовал и в войне 1812 года, был под Парижем, а после окончания войны вышел в отставку и отправился на родину. Но там ему быстро стало скучно, и он снова вернулся в Россию, которую успел полюбить всей душой. Фёдор Петрович поселился в Москве и, занимаясь частной практикой, стал одним из известнейших врачей и очень богатым человеком, обладал огромным домом на Кузнецком мосту и роскошным выездом — каретой, запряжённой четвёркой белоснежных рысаков. В подмосковном Тишкове (Пушкинский район) Гааз купил имение в 100 душ крепостных и устроил там суконную фабрику.
Жизнь его круто изменилась в 1825 г., когда он был назначен главным врачом московских тюрем, а в Бутырской пересыльной тюрьме вспыхнула эпидемия тифа. Условия, в которых содержались заключённые, ужаснули Гааза. С этого момента и до самой смерти он посвятил себя одному делу: по возможности облегчить жизнь заключённых и особенно попавших в тюрьмы детей. Он добился облегчения веса кандалов, того, что их стали изнутри обшивать мешковиной; по его настоянию колонны ссыльных, отправляемых из Москвы в Сибирь, перестали приковывать к железному пруту.
По его настоянию Бутырка была перестроена в соответствии с требованиями гигиены и санитарии. В 1836 году на пожертвования, собранные Гаазом, была устроена при пересыльной тюрьме школа для арестантских детей. Детищем Гааза стали Старо-Екатерининская больница для чернорабочих и Полицейская больница в Малом Казённом переулке. Он принимал туда и бесприютных больных, подбираемых на улицах города.
Кроме того, Гааз добровольно брал на себя обязанность ходатая по делам, когда видел осуждённых безвинно или нуждающихся в снисхождении. Однажды ему довелось поспорить на эту тему с самим митрополитом Филаретом, которому изрядно надоели постоянные просьбы Гааза.
— Вы всё говорите, Фёдор Петрович, — возмущался митрополит, — о невинно осуждённых, но таких нет! Если человек подвергнут каре, значит, есть за ним вина.
— Да вы забыли о Христе, владыка?! — вспылил Гааз.
Окружающие притихли, ожидая гневного ответа митрополита, но тот после минутного молчания смиренно произнёс:
— Нет, Фёдор Петрович, не я забыл о Христе, а, видно, Христос меня оставил. — И, поклонившись, вышел.
На благотворительность ушло всё имущество богатого Гааза, и когда нужно было его хоронить, то пришлось это сделать за счёт полиции. В последний путь Фёдора Петровича Гааза провожали до 20 тысяч москвичей всех сословий и состояний. До самого Введенского кладбища в Лефортово гроб несли на руках. А в московской тюрьме была зажжена лампада перед иконой, приобретённой на скудные гроши арестантов. Могила Гааза на Введенском кладбище в Лефортово сохранилась до наших дней.
Ф. П. Гааз:
«До последней степени оскорбительно видеть, сколь много старання прилагается держать букву закона, когда хотят отказать в справедливости!»
В районе улицы Павла Андреева к Большой Серпуховской и Павловской улицам примыкает сквер. Рядом в Партийном переулке находится Московский электромеханический завод имени В. И. Ленина (бывший Михельсона), а в самом этом сквере 30 августа 1918 года произошло покушение на «вождя мирового пролетариата». Считается, что стреляла в него