А слияние продолжалось и в политической области. В 1959 египетская партия Национальный союз была объявлена единственной легальной политической партией ОАР. В марте 1960 г. объявлялось о создании единой Национальной ассамблеи, кандидатов в депутаты которой должны были выдвигать члены Национального союза каждого района. В связи с тем, что в Сирийском районе в Национальный союз были избраны многие члены бывших, теперь уже не существующих партий, они оказались и в Национальной ассамблее ОАР.
В августе 1961 г. исполнительные советы обоих районов были ликвидированы и образовано центральное правительство с местопребыванием в Каире. Из 35 министров лишь 14 представляли Сирийский район. В Национальную ассамблею избрано 385 египетских депутатов и только 70 сирийских (вместо намечавшихся ранее 200). Баасистские лидеры скоро поняли, что партия не займет того положения в Национальном союзе, на которое они рассчитывали. Между тем их противники обвинили именно баасистов в тяжелом положении в стране, как инициаторов объединения.
Когда в Сирии летом 1961 начались национализация и перераспределение собственности, сирийские мелкие и средние городские торговцы выступили за выход из состава ОАР. Против «социалистических» нововведений выступила даже «левая» Баас, мотивируя свою позицию желанием смягчить критику процесса объединения двух государств и ссылаясь на то, что эти меры приведут скорее к усилению централизованного контроля над экономикой, чем к достижению социальной справедливости.
Наблюдалось недовольство и в армии, где многие старшие офицеры — сторонники БААС были либо уволены в запас, либо понижены в должности и переведены в Египетский район. Широкая оппозиция объединению и ослабление проегипетских сил в Сирии после перевода Сараджа на работу в Каир помогли коалиции гражданских политиков и военных создать заговор.
Что касается вооруженных сил Сирии… Начиная с 1956 г. Сирия стала одним из основных партнеров Советского Союза в области военно-технического сотрудничества. Уже в этом году был подписан первый советско-сирийский контракт о поставке в Сирию танков Т-34, самоходных орудий СУ-100, БТР-152, зенитно-артиллерийских пушек калибра 37 мм и гаубиц калибра 122 мм.
В 1956 г. в САР по линии Министерства Обороны СССР было откомандировано в общей сложности 60 человек (в том числе 5 переводчиков). В 61 году, по нашим данным, в стране находится около 150 советских военнослужащих.
Между Друзской границей и Дамаском сирийцы создали глубоко эшелонированную систему обороны, включающую в себя позиции боевого охранения и три линии обороны (первая в 10 км от линии прекращения огня), включающие полевые и долговременные укрепления, минные поля и вкопанные танки и орудия, большое количество ПТРК. В этом районе постоянно базируются пехотная дивизия, две артиллерийские и две противотанковые бригады. Система обороны прикрыта плотной сетью ПВО.
Опасности для Израиля данная группировка не представляет, так как с Голанских высот контролируется вся территория вплоть до Дамаска, а в Друзском государстве находятся еще по договору 1944 г танковая и артиллерийская бригады и другие израильские подразделения. Сама территория Друзского Государства является между нами своеобразным буфером. Захватывать территорию Сирии, прорывая оборонительные линии, у нас нет ни малейшего желания — это совершенно не имеет смысла для дальнейшего. А в случае сирийского наступления у Израиля имеется дополнительное время на мобилизацию. В то же время, вся территория, вплоть до Дамаска, простреливается с Голанских высот дальнобойной артиллерией.
28 сентября 1961 военное командование Сирии произвело государственный переворот и объявило о выходе Сирии из Объединенной Арабской Республики. Вечером того же дня военное командование объявило о выходе Сирии из состава ОАР и провозглашении Сирийской Арабской Республики (САР). Уже сообщили, что в декабре состоятся выборы в учредительное собрание, и в них будут участвовать представители от Народной и Национальной партий (формально пока не легализованных). Кандидатом на пост президента страны называют Назим аль-Кудси, а на премьер-министра — Мааруф ад-Давалиби. Оба — представители Народной партии. Сирию ожидает череда новых переворотов.
Насер не имеет возможности перебросить достаточное количество верных ему войск и предпочел сделать вид, что ничего особенного не произошло. Любому постороннему наблюдателю, тем не менее, ясно, что из политики объединения разных стран, даже относящихся к одному большому арабскому сообществу, ничего не вышло. Региональные и государственные интересы оказались важнее лозунгов панарабизма. Мы можем видеть начало образования отдельных наций. К чему это приведет в будущем, пока ясности нет.
— Тогда что можно сказать о Федерации Ирака и Иордании?