Главнокомандующий Грузией являлся представителем верховной власти России первоначально в Картли-Кахети, а затем во всем Закавказье. Помощником главнокомандующего Грузией считался «управитель Грузии», ведающий, в основном, гражданскими делами. Правление Картли-Кахети состояло из четырех экспедиций: 1) исполнительной, 2) гражданской, 3) уголовной, 4) казенного имущества. Все внутреннее управление царства Картли-Кахети было сосредоточено в этих четырех экспедициях. Это было так называемое Верховное правительство Грузии, сменившее старую систему правления. Управителем Грузии и начальником исполнительной экспедиции был назначен русский чиновник Коваленский. Начальниками остальных экспедиций были также российские чиновники.
Все бывшее царство было поделено на 5 уездов: Горийский, Дорийский, Душетский, Телавский и Сигпахский. Уездными начальниками назначались российские военные чиновники, именуемые капитан-исправниками. В каждом уезде были уездная полиция и уездный суд, в этих органах работали также представители грузинского дворянства. Управление городами возлагалось на комендантов, эту должность занимали российские офицеры, в основном, из Санкт-Петербурга.
Традиционное грузинское административное деление и система управления были уничтожены. Грузинский суд сменился российским судом. По политическим соображениям российские власти до середины 1820-х гг. временно оставили в силе судебник Вахтанга VI, однако по грузинскому правопорядку решались лишь гражданские дела. Судопроизводство велось только на русском языке.
После упразднения Имеретипского царства российский императорский двор в 1810 году на территории Имерети установил временное правление Имерети. Во главе временного правления стоял управляющий — руководящее лицо по военным и гражданским делам. Управляющий Имерети одновременно считался командующим расположенных на территории Западной Грузии российских войск. Официально он назывался «управляющим Имерети, Мегрелии, Гурии и Абхазии». Несмотря на это, фактически российское управление не распространилось на княжества. Имеретский управитель подчинялся главнокомандующему (главноуправляющему) Кавказом. В 1810 году первым управителем Имерети был назначен генерал Симонович, а его заместителем (вице-управителем) — Зураб Церетели. Имеретское временное правление не было разделено на экспедиции.
Вначале территорию Имерети должны были поделить на четыре округа (Кутаисский, Чхерский, Рачинский и Багдадский), но затем с учетом географических условий Имерети разделили на шесть округов: Кутаисский, Бакинский, Рачинский, Чхорский, Сачхерский и Багдадский. К 1830-м годам вся эта территория была разделена па четыре округа (Кутаисский, Бакинский, Шорапанский и Рачинский). Как и в Картли-Кахети, в Имерети судопроизводство осуществлялось по российским законам, Гражданское судопроизводство в Имерети временно велось тоже на основе судебника Вахтанга VI. В Имеретинском правлении и в суде господствовал русский язык.
В течение ряда столетий борьбу грузинского народа против завоевателей возглавляла царская династия Багратионов. Против российского господства борьбу развернули представители этой династии — царица Дареджан, супруга бывшего Ираклия II, и царевичи Александр Ираклиевич, Юлон Ираклиевич, Парнаваз Ираклиевич, Давид Георгиевич, Теймураз Георгиевич. Хотя между многочисленными сыновьями и внуками царя не было согласия, но российскому правительству это не давало повода для успокоения. Царевич Александр находился в Иране и ждал подходящего случая для начала борьбы. Позднее в Иране скрывался и царевич Теймураз.
Преследование представителей царской династии Багратионов началось с 1801 года. В Россию были высланы сыновья Георгия XII — Давид, Иоанэ, Баграт и Михаил. В 1803 году главнокомандующий Грузией генерал Павел Цицианов вынудил царицу Дареджан переселиться в Россию, что и было насильственно осуществлено; в 1804 году та же участь постигла царевичей Юлона и Парнаваза, а также других представителей рода Багратионов. Наряду с членами царской семьи Багратионов преследовались и их сторонники, остававшиеся в России.
Схожие меры принимались в сфере конфессионального управления грузинской территорией. В 1811 году был упразднен до того независимый Мцхетский католикосат, а католикоса Антона II отозвали в Россию. Епархии Мцхетского католикосата, расположенные на территории Картли-Кахетского царства, вошли в прямое подчинение Синоду Русской православной церкви. В 1814 году был упразднен и Абхазский католикосах. Во главе грузинской церкви было поставлено назначенное Синодом духовное лицо — экзарх, который заведовал грузинской церковью с помощью Грузино-Имеретинской синодальной конторы. Первым экзархом Грузии был назначен представитель рода Ксанских Эриставов Варлам, но впоследствии (с 1816-го) Россия направляла русских экзархов.