Эта церковь стала правонаследники движимого и недвижимого имущества церкви Грузии, в результате чего грузинское духовенство экономически сильно пострадало. Грузинские духовные лица получали жалованье от российского Синода и поэтому полностью зависели от него. Экзарх Грузии сознательно притеснял неугодных российской церкви грузин священников, многие из них были вынуждены эмигрировать. Прилагались также усилия к тому, чтобы в грузинских церквях богослужение велось на русском языке. Первоначально в выходные дни и в дни церковных праздников, а позднее (с 1830-х гг.) и в будние дни в крупных городах богослужение происходило на русском языке. Из-за этого грузинские священнослужители, не владевшие русским языком, остались без работы.
Вдобавок в 1803 году главнокомандующий Грузии из Ереванского ханства переселил в Квемо-Картли и в Тбилиси 11 тысяч армян. В 1811 году после взятия русскими Ахалкалаки жившие в Джавахети две тысячи армян переселились в Тбилиси. В 1818 году в Грузию переселили 500 семей германских колонистов. Им бесплатно выделили лучшие участки земли, оказали финансовую помощь.
После победы в войне с Турцией в 1828-1829 годах в состав России вошло Самцхе-Джавахети (южный регион современной Грузии). Жившие там грузинские мусульмане, испытывая невыносимый гнет со стороны новых чиновников, вынуждены были переселиться в Турцию. Российские власти не разрешили грузинам из Западной Грузии переселиться в Самцхе-Джавахети, зато из Турции туда были переселены 30 тысяч армян. Переселение армян в различные регионы Грузии продолжалось и в последующие десятилетия. В частности, в 1829-1831 годах в Земо-Картли обосновались 14 тысяч греческих и армянских «дымов». Помимо армян, Россия в большом количестве заселяла в Грузию демобилизованных из армии российских солдат и офицеров. Так образовались в Грузии многочисленные поселения русских военных. Плюс к тому из российской «глубинки» в Грузию на постоянное жительство переселяли русских сектантов. Но благодаря природной, исторической толерантности грузин между коренным населением и новыми поселенцами серьезных столкновений не происходило.
После смерти Георгия XII (в декабре 1800 года) важным событием является оглашение Манифеста от 12 сентября 1801 года в Тбилиси, состоявшееся 12 апреля 1802 года. Генерал Кноринг имел указание после прочтения манифеста в Сионском храме заставил, собравшийся во дворе храма народ присягнуть императору. Кноринг понимал, что это могло вызвать осложнения, поэтому Сионский храм и прилегающие к храму улицы были окружены войсками. Часть князей не присягнула, прорвала окружение и покинула столицу.
В июле 1802 года в Кахетии (в окрестностях Келменчаури) собрались князья-«отказники» и солидарное с ними население, всего несколько тысяч человек. Активными участниками политического выступления были царевичи Вахтанг Ираклиевич и Теймураз Георгиевич. Из кахетинских князей участвовали: Андроникашвили, Вачнадзе, Джандиери, Кобулашвили, Чавчавадзе. Согласно плану, составленному находящейся в Иране царицей Дареджан, имеретинский царь Соломон II, гянджинский хан и ахалцихский паша, а также лезгины Чар-Белакани должны были устроить совместный поход против частей российских войск, расположенных в Картли-Кахеги, и в случае победы возвести на царский трон Юлона Ираклиевича.
Эти же деятели решили обратиться в августе 1802 г. к российскому императору с петицией, которую подписали 69 человек. Кахетинские князья выражали недовольство Манифестом от 12 сентября 1801 года и требовали восстановления условий Георгиевского трактата. Князья просили согласия на утверждение царем Картли-Кахети Юлона Ираклиевича. Но выполнение условий Георгиевского трактата означало восстановление Картли-Кахетинского царства. В результате военных и политических мер антироссийские волнения в Кахетии была подавлены, а большинство князей-«отказников» вынудили присягнуть России.
Но в 1804 году в горной Картли вспыхнуло большое восстание. Россия готовилась к войне с Ираном и Турцией. Дорога, по которой следовало перевезти войско, находилась в состоянии негодности. Работу по строительству дороги должны были выполнять местные крестьяне из Арагвского ущелья. Условия, в которых они работали, были невыносимыми, особенно тяжело им приходилось зимой. Холод, голод и обвалы унесли в могилу жизнь многих грузин. Помимо всего, население страдало от произвола и издевательств русских чиновников, офицеров и солдат, которые нещадно избивали и оскорбляли крестьян.