Уже в начале 1916 года стали создавать партизанские отряды понтийских греков, поддерживаемые армянами и воевавшие за самоопределение греческого населения Северной Анатолии. После разгрома на территории Понта турецких войск (16.04.1916) в Трабзонском вилайете власть временно перешла в руки греческого комитета. В мае 1917 года в Тифлисе был создан Временный национальный совет понтийских греков. А на I Всепонтийском съезде в Марселе 4 февраля 1918 года и в июле того же года в Батуме понтийские организации греков заявили своей целью создание независимой Понтийской республики. Было выбрано временное правительство Понта; его председателем стал Василис Иоаннидис, а председателем Генеральной ассамблеи (парламента) — Никое Леонтидис (позже — Леонидас Ясонидис). Президентом был избран Костас Константинидис. Однако Великобритания отказала Греции в требовании направить на Понт хотя бы солдат понтийского происхождения, служивших тогда в греческой армии. А тогдашний греческий премьер-министр Э. Венизелос предложил сотрудничество греков и армян в рамках единого государства в этом регионе Турции.
Греческая делегация поддержала на Верховном совете Союзнических сил вхождение Трапезунда в армянское государство в качестве греко-автономного района. Однако в большинстве своем понтийские греки не приняли позиции греческого правительства, продолжая настаивать на провозглашении Понтийской республики. В то же время усиливающиеся гонения Советского государства на греков на Юге России заставили Венизелоса пересмотреть свою политику по понтийскому вопросу.
Митрополит Хрисанф, с апреля 1919 года представлявший понтийские интересы на мировом уровне, убедил понтийские власти принять решение об устройстве федеративной армянской республики в этом регионе, где греки обладали бы правами автономии. Великие державы утвердили это решение на Мирной конференции в Париже, однако представители правительства Понта на той же конференции 14 мая 1919 года выступили за создание собственного независимого государства под протекторатом Греции и СИ1Л.
В январе 1920 года Хрисанфом и Президентом Армянской республики А. Хатисяном было подписано соглашение о создании Понтийско-Армянской конфедерации. Стороны договорились также о совместной вооруженной защите Понта от нападений турок. Однако отказ англичан поддержать создание местных греко-армянских военных отрядов привел к вторжению турецких войск в Понт и к поражению армянских войск под Эрзерумом в ноябре 1920-го и к капитуляции Армении в декабре того же года перед Турцией. По условиям этой капитуляции понтийское население фактически было оставлено на «милость» турецких войск.
Вскоре начались кровавые преследования греческого населения в данном регионе. В 1919—1922 гг. в Понте были уничтожены, по официальным данным Греции, более 353 000 человек. Тем временем в марте 1919 года в Батуми при поддержке со стороны правительств Армении и Грузии учреждается Национальный совет Понта, то есть неофициальное правительство в изгнании. Одновременно там же создастся Национальное собрание Понта из 60 выборных членов, представлявших понтийское население Кавказа, Юга России и 6 митрополий Понта (Колонии, Халдии, Родополии, Трапезунда, Неокесарии и Амасии).
Однако планы Правительства Греции направить войска в Понт, на турецко-грузинскую и на турецко-армянскую границы были сорваны властями РСФСР и Великобритании. Затем в августе—сентябре 1922 года войсками Турции были разгромлены войска Греции на западе Анатолии, преданные британскими «союзниками». После чего было «завершено» к 1925 году, в буквальном смысле, избиение понтийских и западноанатолийских греков турецкими шовинистами.
В конце 1918 года, после занятия большей части Понта турецкими войсками при попустительстве Антанты, начинается массовый исход «уцелевших» понтийских греков. Они — свыше 100 тыс. чел. — направляются в Грецию, Россию, Грузию, Армению. 10—16 января 1920 г. между временным правительством Понта и армянским правительством на конференции в Ереване было достигнуто соглашение о создании Понтийско-Армянской конфедерации. Оно было поддержано Грецией. Но развитие интервенции турецкой армии в Закавказье и захват советскими войсками Восточной Армении не позволили воплотить достигнутое соглашение.
Во время греко-турецкой войны (1919—1922 гг.) на территории Понта продолжали действовать партизанские соединения понтийских греков и армян. Однако благодаря «иезуитству» англичан и позиции Советской России Турция получила как вооружение, в избытке имевшееся в тот период в России (в том числе после захвата арсеналов уже не существовавшей Российской армии), так и поддержку советниками из РСФСР. Что погубило Понтийскую республику и греческое сопротивление по всей Анатолии.