Поначалу горячая Софья распорядилась отрубить Нечаеву голову, но вскоре остыла, понимая, что ее борьба с Петром неравна. Правда, она еще успела собрать часть стрельцов и сказать им речь: «Как можно выдавать людей? Они под пыткою оговорят других, людей добрых;
Затем Софья произнесла речь перед толпой посадских людей, слуги же ее начали обносить вином стрельцов, посадских и служилых иноземцев. Даже полковнику Нечаеву вместо топора и плахи поднесли чарку водки. Тем временем Петр, не дождавшись стрелецких полковников, которые медлили с решением, затребовал к себе служилых иноземцев. Первым к нему в Троицу с военным отрядом явился Патрик Гордон. Приняты иноземцы были ласково и допущены к царской руке. Было это 5 сентября. Переход иноземцев к Петру при колебавшихся стрельцах привел дело к развязке.
Царь Петр Алексеевич.
Уже 6 сентября к вечеру толпа стрельцов явилась перед дворцом и потребовала выдачи Шакловитого. Окружавшие Софью бояре дрогнули: «Государыня царевна, не выдадим Шакловитаго, будет бунт и тогда все пропадем». Не хватило Софье духу, и она поддалась. Федор Шакловитый был выдан и на другой день доставлен в Троицкую Лавру к царю Петру. Тотчас его начали допрашивать и пытать, и, поначалу запиравшийся, под пыткой он признал, что якобы подбивал стрельцов произвести пожар в Преображенском и убить царицу. «11 сентября, в 10 часов вечера, — рассказывает Костомаров, — противЛавры, у большой дороги, вывели преступников на смертную казнь при большом стечении народа. Шакловитому отрубили голову топором. То же сделали стрельцам Обросиму Петрову и Кузьме Чермному. Полковнику Семену Рязанцеву велели положить голову на плаху, потом велели ему встать, дали несколько ударов кнутом и отрезали кусок языка».
Софье же Петр приказал перебраться в Новодевичий монастырь. Впрочем, по свидетельству историка, в монастыре «ей дали просторное помещение окнами на Девичье поле, позволили держать при себе свою кормилицу, престарелую Вяземскую, двух казначеев и девять постельниц. Из дворца отпускалось ей ежедневно определенное количество разной рыбы, пирогов, саек, караваев, хлеба, меду, пива, браги, водки и лакомств». Через девять лет, после очередных стрелецких волнений, Софья под именем Сусанны будет пострижена в монахини.
После этого наполовину выдуманного стрелецкого бунта при ни во что не вмешивающемся слабоумном Иване V (который через шесть с половиною лет тихо скончается, оставив дочь Анну, будущую императрицу) страной начнут править временщики из клана Нарышкиных, люди по большей части недалекие. Это брат царицы Лев Кириллович Нарышкин, по выражению современника, «человек пьяный, взбалмошный, делавший добро без резону, по бизарии своего гумору». Это свойственник обоих царей по бабушке Тихон Никитич Стрешнев, будущий сенатор, «человек не слишком умный, но лукавый и злой, «интригант дворовый». Лучшим среди них был князь Борис Алексеевич Голицын, наиболее умело проведший последнюю интригу против царевны Софьи. Ключевский пишет, что он был человек умный и образованный, говорил по-латыни, но «пил непрестанно» и, правя Казанским Дворцом почти неограниченно, разорил Поволжье. Пыталась вмешиваться в государственные дела и сама царица Наталья, но, по отзыву уже упоминавшегося дипломата князя Куракина, она «была править некапабель, ума малого». Эти люди поведут «правление весьма непорядочное», с обидами и судейскими неправдами, начнется «мздоимство великое и кража государственная». Они начнут вертеть Боярской думой, так что бояре первых домов останутся «безо всякого повоира и в консилии или палате токмо будут спетакулями». Начнется неистовая кража казенного золота, подделка документов, брань во дворце, вереница разжалований, преследований и новых преступлений.
В этом обществе, скажет Ключевский, напрасно искать деления на партии старую и новую, консервативную и прогрессивную: боролись дикие инстинкты и нравы, а не идеи и направления.