И в том же 1905 году он впервые был принят Государем Императором Николаем II. В своем дневнике в записи от 13 (26) ноября Царь отметил:
«Принял арх. Феофана, инспектора С.-Петербургской Духовной академии».
Вскоре после этого отцу Феофану было предложено стать духовником Царской Семьи. Сегодня, по прошествии стольких лет, трудно себе даже представить всю ответственность перед Богом, которую возлагало это послушание. Ведь иерей в Таинстве Исповеди является свидетелем кающейся пред Господом души и отпускает грехи не своей собственной властью, но по благодати от Господа, данной ему при рукоположении; он как духовник вступает в глубоко доверительные отношения с исповедующимся и, являясь духовным отцом, руководит душу сквозь нравственные и духовные соблазны в соответствии с учением Святой Церкви. Быть духовным отцом любой христианской души – огромная ответственность, но быть духовником православного Монарха – это служение ни с чем не сравнимого духовного смысла. Помазанник Божий, Царь Николай Александрович, нес ответственность не только за себя, но и за весь народ русский. Во время коронации Государь дал обет предстоять пред Богом за свой народ, хранить Россию православным государством и по смерти передать ее в целостности своему Наследнику, честно исполнив свой долг отца Отечества. Монарх предстоял пред Господом за Россию как в политическом, так и в духовном отношении. Помазание даровало Божию благодать; и Николай II Александрович знал, что от исполнения обета зависит состояние его собственной души. Отец Феофан не был политическим или административным советником Царя, он был «совестью Царя», гласом христианских традиций и хранителем православных заповедей, на которых строилось его служение.