Владыка подвизался на трех поприщах: научно-академическом, пастырско-священническом и монашеско-аскетическом. У него был редкий дар совмещать духовное и душевное без ущерба одного другому. Господь вел избранника Своего путем искушений, и искушений немалых. В те годы общество было заражено настроениями «передовыми», революционными. Многие возжелали «лучшего будущего» на грешной земле, забывая о действительно лучшем мире, об Отечестве Небесном. В известной мере эти настроения коснулись и околоцерковных кругов. Это поветрие проникло и в духовные учебные заведения. Не соглашаться и возмущаться стало признаком хорошего тона. В академиях появились носители либеральных идей как среди профессоров, так и среди студентов. Лозунг «свободы» антихристовой стал гордым знаменем многих. И молодому инспектору высшей духовной школы приходилось свидетельствовать пред непонимающими, что Царство Христово –
Конфликт с частью профессуры, подпавшей под влияние Запада, произошел в связи со специальными задачами, стоявшими перед Санкт-Петербургской Духовной академией. Эти специальные задачи вытекали из исторических и географических условий.
Так, Казанской Духовной академии вменялась в обязанность защита от ислама, буддизма и прочих восточных религий, с которыми Россия соприкасалась на восточных границах Империи.
Киевской Духовной академии ставилась задача защиты от католицизма и униатства.
Московская Духовная академия должна была разрабатывать вопросы преодоления старообрядческого раскола в Российской Православной Церкви и защиты от сектантства.
И наконец, на долю Санкт-Петербургской Духовной академии приходилась самая трудная задача: стоять на страже и защите Святого Православия от проникновения с Запада тлетворных идей: либерализма, протестантизма, материализма, атеизма, всякого антихристианства и масонства.
Преосвященный Феофан в период своего ректорства в Санкт-Петербургской Духовной академии, несмотря на все протесты части профессуры, заявляемые во имя антихристовой «свободы», исповеднически исполнял свой священный долг.