Позже владыка Феофан рассказывал о болезненном конфликте, произошедшем у него с одним из профессоров, пожелавшим свободы от ига Христова. Тот начал жить грешным сожительством с женою своего коллеги на виду у всей академии. Начальствующие лица академии старались этого не замечать, не желая обострять отношения со знаменитым профессором. Но когда инспектором стал будущий Владыка, то сразу всем стала известной яркая черта его душевного устройства: исповедническое служение правде Божией, несмотря ни на какие личные невыгоды. Владыка Феофан внес предложение в академический Совет, чтобы тот профессор поступил по закону, согласно требованиям законоположений Православной Церкви:
– Совершенно недопустимо, чтобы профессор Духовной академии жил не венчано и к тому же с чужой женою. Ведь Санкт-Петербургская Духовная академия – высокое место по подготовке будущих пастырей Православной Церкви в Православном Царстве. Ведь эта академия перед глазами всех в столице Империи, и с нее берут пример миллионы… И как это возможно такое неуважение и нарушение законов Церкви и государства?
Профессор страшно возмущался и негодовал:
– Какое он имеет право вмешиваться в мою частную жизнь?
На это Владыка ответил, что, во-первых, это не совсем «частная жизнь». Профессор Духовной академии должен, по своему положению, жить по-христиански. А во-вторых, по законоположению инспектор академии обязан обратить внимание на это…
И профессору пришлось выбирать: или уходить из Духовной академии и жить частной жизнью, или смириться перед законом Церкви. Академический Совет поддержал своего инспектора, и профессор вынужден был подчиниться. Об этом конфликте владыка Феофан всегда вспоминал с горечью. У профессора не хватило христианского мужества признать свою вину и примириться. И Господь наложил на него пожизненную епитимью в жене его: она страдала серьезным психическим заболеванием. У знаменитого профессора был тяжелый крест.