«1. Преобразовать органы Третьего управления как в Действующей армии, так и в военных округах (от отделений в дивизиях и выше) в особые отделы, а Третье управление — в Управление особых отделов.
2. Подчинить Управление особых отделов и особые отделы Народному комиссариату внутренних дел, а уполномоченного особотдела в полку и особотдела в дивизии одновременно подчинить соответственно комиссару полка и комиссару дивизии.
3. Главной задачей особых отделов на период войны считать решительную борьбу со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидацию дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе.
4. Дать особым отделам право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте.
5. Обязать НКВД дать в распоряжение особых отделов необходимые вооруженные отряды из войск НКВД.
6. Обязать начальников охраны тыла иметь прямую связь с особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку.
18 июля вышла и соответствующая директива НКВД СССР № 169.