8 апреля 1918 г. Семенов вторгся в Забайкалье, а в мае на станции Борзя он объявил о создании «Временного Забайкальского правительства» во главе с самим собой. «Правительство» это только с весны до осени 1918 г. получило от Японии военной и финансовой помощи почти на 4,5 миллиона рублей. За этот же период Франция оказала помощь есаулу Семенову на сумму свыше 4 миллионов рублей.
В наступлении на Читу в августе 1918 г. Семенова поддержала Сводная бригада Японской императорской армии под командованием генерал-лейтенанта Фудзия. 6 сентября 1918 г. объединенный авангард семеновцев и японских войск вступил в Читу. Третья дивизия императорской армии после захвата Читы выделила из своего состава отряд генерал-майора Юхары для оккупации Амурской железной дороги, которая к 12 сентября была полностью очищена от красных. К 20 сентября 1918 г. отряд Фудзии был отозван из Забайкалья.
Охрану железной дороги взяли на себя подразделения Третьей дивизии императорской армии. Позднее ее сменила Пятая дивизия генерала Судзуки. Активное участие японцы приняли и в подавлении Ингодинского восстания осенью 1919 г.
Несколько слов стоит сказать и об отношениях Колчака и Семенова.
В середине ноября 1918 г. Семенов телеграфировал в Омск об отказе признать верховную власть адмирала Колчака и предлагал на эту высшую должность в русском Белом движении свои кандидатуры — генералов Деникина, Хорвата или атамана Оренбургского казачьего войска Дутова. В телеграмме говорилось: «Если в течение 24 часов я не получу ответа о передаче власти одному из указанных мною кандидатов, я временно, впредь до создания на Западе [Сибири] приемлемой для всех власти, объявляю автономию Восточной Сибири… Как только власть будет передана одному из указанных кандидатов, несомненно и безусловно ему подчинюсь».
От слов бравый есаул перешел к делу и прервал телеграфную связь между Омском и Дальним Востоком, а на Забайкальской железной дороге задержал поезда с военными грузами, отправленными Антантой Верховному правителю России для создаваемой колчаковской армии.
Верховный правитель Колчак в конце ноября 1918 г. издал приказ № 60, в котором есаул Семенов объявлялся изменником. 1 декабря Колчак, встав на путь конфликта с Японией, издал приказ № 61 о ликвидации «Семеновского инцидента». Приказ этот гласил: «Командующий 5‑м отдельным Приамурским корпусом полковник Семенов за неповиновение, разрушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии, что является актом государственной измены, отрешается от командования 5‑м корпусом и смещается со всех должностей, им занимаемых».
Но за Семенова горой встало командование японского экспедиционного корпуса. Японский генерал Юхи заявил, что «Япония не допустит никаких мер против Семенова, не останавливаясь даже для этого перед применением оружия…» Именно такую инструкцию получила дислоцированная в Забайкалье 3‑я дивизия императорской армии.
Был ли Колчак талантливым адмиралом, вопрос спорный, но в боевых действиях на суше и в политике разбирался слабо. В ноябре 1919 г. ему пришлось с остатками белых войск бежать из Омска к Иркутску. 15 января 1920 г. на станции Иннокентьевская (около Иркутска) он был выдан белочехами Политическому Центру — организации меньшевиков и эсеров. 20 января этот Политический Центр в Иркутске попросту разбежался, а власть в городе взял большевистский Военно-революционный комитет (ВРК). 7 февраля 1920 г. по постановлению ВРК Колчак был расстрелян.
Еще перед арестом, 4 января 1920 г., Колчак передал Семенову всю полноту военной и государственной власти «на территории Российской восточной окраины», а 8 января Семенов создал «Правительство Российской восточной окраины».
К весне 1920 г. передовые части Красной армии были приостановлены на рубеже озера Байкал. Это было связано не с сопротивлением белых, а по чисто политическим причинам. Советское правительство желало избежать конфликта с Японией. А, как говорил В.И. Ленин, «вести войну с Японией мы не можем и должны все сделать для того, чтобы попытаться не только отдалить войну с Японией, но, если можно, обойтись без нее…»
Поэтому советское правительство решилось на оригинальный ход — создание буферной Дальневосточной республики (ДВР). 6 апреля в Верхне-Удинске на Учредительном съезде полномочных представителей всего населения Забайкалья состоялось ее провозглашение. В республику организационно вошли Забайкальская, Амурская, Приморская, Камчатская области и Северный Сахалин. Ей же были переданы права России в отчужденной зоне КВЖД.
В январе прошло представительно Учредительное собрание, где руководящая роль принадлежала большевикам. На этом собрании были созданы: орган верховной власти (Правительство) во главе с А.М. Краснощековым и исполнительный орган — Совет министров под председательством коммуниста П.М. Никифорова.
Советское правительство признало Дальневосточную республику как дружественное независимое государство.