Попытка противника 23 октября перейти в контрнаступление успеха не имела. 30 октября части НРА захватили станции Бырка и Оловянная. Остатки белогвардейцев бежали в Маньчжурию.
В мае 1920 г. в Благовещенске создается Амурская флотилия, формально входящая в состав вооруженных сил Дальневосточной республики.
Поскольку мониторы и канонерские лодки бывшей военной флотилии находились под японским контролем или были выведены из строя, основу флотилии составили вооруженные пароходы «Труд», «Марк Варягин» и «Карл Маркс», вспомогательные суда «Воткинский», «Муравьев-Амурский» и «Уссури», угнанные в апреле под огнем японцев из Блаженного затона в Хабаровске.
18 мая 1920 г. японцы использовали монитор «Смерч» для огневого прикрытия переправы японских войск через Амур. Однако переправа была сорвана огнем артиллерии войск ДВР и бронепоезда «Коммунист».
С 20 сентября по 12 октября 1920 г. японские войска ушли из Хабаровска и Осиповского затона. Предварительно ими были угнаны на Сахалин наиболее боеспособные корабли Амурской флотилии — монитор «Шквал», канонерские лодки «Бурят», «Монгол», «Вотяк» и многие другие пароходы и суда.
Японцы демонстративно затопили канонерскую лодку «Корел» и посадили на мель монитор «Смерч». С канонерок и мониторов они собрали орудийные замки, части двигателей и паровых машин и утопили в Амуре. Механизмы, надстройки и палубы облили соляной кислотой, а орудия заклинили снарядами, обернутыми смоченной в кислоте паклей. Кроме того, интервенты разрушили на всем протяжении железнодорожную ветку из Хабаровска на базу. Рельсы с нее японцы сняли и бросили в Амур.
В январе 1921 г. состоялись выборы в Учредительное собрание Дальневосточной республики, в результате которых в столице республике — Чите — было создано правительство, руководимое большевиками.
Одновременно с интервенцией на Дальнем Востоке японцы стремились захватить Внешнюю Монголию. Для этого они использовали русских белогвардейцев Семенова и барона Унгерна фон Штернберга, а также маньчжурского милитариста Чжан Цзолина. Последний, будучи полновластным сатрапом Монголии, боролся за власть с пекинским правительством, сотрудничая с японцами.
Барон фон Штернберг с помощью японцев собрал отряд в несколько тысяч человек, ворвался в Монголию и 4 февраля 1921 г. захватил столицу Монголии Ургу. Барон объявил себя монгольским ханом и прямым потомком Чингисхана.
В мае 1921 г. войска фон Штернберга (около 10,5 тысяч сабель, 200 штыков, 21 орудие, 37 пулеметов) вторглись в пределы Дальневосточной республики в районе Троицкосавска. Главный удар они наносили вдоль правого берега реки Селенга, вспомогательный — вдоль ее левого берега с целью перерезать Кругобайкальскую железную дорогу и изолировать Дальневосточную республику от РСФСР. В упорных оборонительных боях с 28 мая по 12 июня 1921 г. части Красной армии отразили попытки белых прорваться к железной дороге по левому берегу Селенги. Войска барона Унгерна понесли большие потери и отступили в глубь Монголии за реку Иро.
В середине июня 1921 г. красные сформировали экспедиционный корпус 5‑й армии под командованием К.А. Неймана в составе 7,6 тысяч штыков и 2,5 тысяч сабель. Корпус располагал двадцатью орудиями, двумя бронеавтомобилями и четырьмя самолетами. 27–28 июня части экспедиционного корпуса во взаимодействии с НРА ДВР и Монгольской Народно-революционной армией (МНРА) под командованием Сухэ-Батора начали наступление. 6 июля красные взяли Ургу.
22 августа Унгерн фон Штернберг был взят в плен, а 15 сентября расстрелян по приговору революционного трибунала.
11 июля 1921 г. было образовано Народное правительство Монголии, а 5 ноября подписан договор о сотрудничестве с РСФСР. Власть в Монголии[128] сосредоточилась в руках революционных элементов, но до мая 1924 г., когда умер последний монгольский хан (богдо-гэгэн), Монголия формально являлась монархией.
12 января 1921 г. войска Дальневосточной республики нанесли поражение белогвардейцам при Волочаевке. 14 февраля был освобожден Хабаровск. Белогвардейские части, прикрываемые японскими войсками, отступили на юг. Народно-революционная армия ДВР успешно продвигалась по направлению к Никольск-Уссурийскому и Владивостоку. Большую помощь революционным войскам оказали партизаны.
Успехи, одержанные НРА и партизанами, с одной стороны, и резкое ухудшение внутреннего и международного положения Японии — с другой, вынудили японское правительство пойти на новые переговоры, на этот раз уже не только с ДВР, но и с РСФСР. В начале сентября 1922 г. в Чаньчуне открылась конференция представителей Японии и объединенной делегации ДВР и РСФСР.
Еще до созыва конференции японцы объявили о выводе войск из Приморья к 1 ноября 1922 г. Делегация ДВР и РСФСР требовала вывода японских войск также и с Северного Сахалина, но японцы отвергли это требование. Чаньчунская конференция была прервана 26 сентября 1922 г.