Проблемы со здоровьем у Марии продолжались больше года. Судя по всему, ее болезнь и слабость даже усилились. Говорили, что в августе 1559 г. в Сен-Жермене ей становилось плохо после каждого приема пищи. Она упала в обморок в присутствии испанского посла, и ее пришлось приводить в чувство при помощи
Причиной болезни был стресс, потому что сообщения о плохом здоровье Марии совпадают с ее жалобами на беспомощность в отношении событий, разворачивавшихся в Шотландии. Ее мать, Мария де Гиз, по-прежнему была единственным регентом, но еще до смерти Генриха II кардинал Лотарингский вмешивался во внутренние дела страны. В частности, он вынуждал свою сестру притеснять протестантов, которых считал политическими бунтовщиками. Впервые он заявил об этой политике в апреле 1558 г., когда состоялась свадьба Марии и Франциска. И его требования становились все громче и настойчивее.
Соединяя защиту католицизма с «франко-британской» стратегией, кардинал стремился подражать Марии Тюдор. Ее попытка создать общеевропейский династический союз с Филиппом II была тесно связана с преследованиями протестантов. Руководителем ее пресловутой кампании против ереси был папский легат и архиепископ Кентерберийский Реджинальд Поул, который обращался за советом к испанским доминиканцам. В результате этой политики многие из вождей протестантов бежали в Женеву и в другие швейцарские и немецкие города, оставив бедных и менее влиятельных реформаторов гореть на кострах.
Изгнанники продолжали обличать Марию и Поула и из безопасного убежища на континенте, используя для этой цели и церковную кафедру, и печатный станок. Но несмотря на эти неудачи, Гизы были воодушевлены результатами кампании, как они ее видели. Они желали, чтобы та же политика проводилась и в Шотландии. Кардинал даже выписал для своей сестры экземпляр инструкции, которой пользовались инквизиторы Поула; кроме того, он отправил к ней целую делегацию теологов из Сорбонны, искусных в искоренении ереси.
В Шотландии эти меры привели к обратному результату – угроза религиозного преследования вызвала усиление страхов по поводу независимости страны. Во времена Хаддингтонского договора патриотизм и профранцузские настроения были совместимы, но теперь положение коренным образом изменилось.
Импульс к переменам пришел из Англии, когда в апреле 1559 г. Елизавета заключила с протестантами так называемое «соглашение». Она блестяще разыграла свои карты. В первые месяцы своего правления она придерживалась двухпартийной политики: успокаивала Филиппа II и не выказывала предпочтения ни протестантам, ни католикам. Первые поддерживали ее потому, что знали, что она отвергнет папу и католическую мессу. Вторых успокаивал тот факт, что при Марии Тюдор она исполняла католические обряды и в часовне служили мессу. Только после завершения мирных переговоров и заключения Като-Камбрезийского мира Елизавета перестала скрывать свои истинные предпочтения.
Главными советниками английской королевы стали протестанты. Сесил, ее первый министр, играл ведущую роль в реформации при Эдуарде VI. В правление Марии Тюдор он поддерживал изгнанников, в том числе пламенного проповедника Джона Нокса. С его именем даже связывали предложение Ноксу стать епископом Рочестера, прозвучавшее в период правления Эдуарда и отклоненное непреклонным кальвинистом. Тем не менее даже Сесил, чтобы спасти свою жизнь, пришел на торжественную мессу в своем доме в Уимблдоне, которую специально приказала провести разгневанная Мария Тюдор, узнав о масштабах его поддержки протестантского подполья.
После того как в 1559 г. парламент утвердил религиозное соглашение, страна официально стала протестантской. Это послужило сигналом для проанглийской партии в Шотландии, которая получила поддержку протестантов в открытом противостоянии с регентом, которого теперь было легко представить как инструмент тирании французов, и в особенности Гизов. С этого момента пропаганда мятежников будет соединять в себе протестантизм и национальную идею.