До сих пор мать королевы Марии эффективно управляла Шотландией, но ее решимость установить закон и порядок, ввести более высокие налоги и, самое главное, подчинить горные и приграничные районы централизованному шотландскому государству восстановила против нее тех, кто считал, что право управлять собственными кланами и землями дается от рождения. В глубине души шотландские лорды отвергали централизованную монархию. Они хотели сохранить власть в составе свободной федерации малых суверенов. Политику регента могли бы терпеть и дальше, если бы из Франции продолжали поступать пенсии, но после заключения Като-Камбрезийского мира денежный поток перекрыли. В изменившихся обстоятельствах протестантство предложило превосходный повод для свержения непопулярного регента.
Такой оппортунизм, в свою очередь, давал Англии уникальный шанс. Протестантство можно было сделать основой плана превратить все Британские острова в единое сообщество, компенсировав несчастья от «грубых ухаживаний». В таком случае Франция теряла все, но больше всех пострадала бы Мария, поскольку на кону была ее корона и репутация королевы-католички. Сесил стал главным проводником этой политики, которая определяла почти все его действия на протяжении последующих тридцати лет.
Все зависело от того, способна ли Англия учесть прошлые ошибки. Выяснилось, что способна. На какое-то время англичане отказались от любых упоминаний о своих претензиях на «имперскую» власть и о статусе Шотландии как сателлита. Они действовали осторожно, причем Сесил стремился любой ценой избежать полномасштабной войны в Европе: он занял должность секретаря лорда-протектора Сомерсета в 1547 г. незадолго до битвы при Пинки, где стал свидетелем ужасной резни и сам едва остался жив.
С шотландской стороны аристократы, поднявшие мятеж против регента, называли себя «лордами конгрегации». Самым могущественным среди них был граф Аргайл. Сын того графа Аргайла, который нес меч на коронации Марии, был убежденным протестантом и контролировал обширные территории в говорящих на гэльском языке горных областях страны, где королевская власть была слабой, а также на Западных островах и в южном графстве Аргайлшир, в устье Клайда. Его влияние простиралось до Ольстера на севере Ирландии, и он оставался единственным из шотландских аристократов, кто мог собрать полноценную армию независимо от короны. К нему присоединился граф Гленкерн, лорды Рутвен, Бойд, Очайлтри и некоторые другие.
Несомненно, самым влиятельным его сторонником был лорд Джеймс Стюарт, незаконнорожденный единокровный брат Марии, который быстро выдвинулся на первые роли. Он родился в 1531 г. и был на одиннадцать лет старше сестры. Физически сильный, он отличался добродушием, но в то же время высокомерием и убеждением, что, будучи сыном Якова V, он действует в согласии с принципами и традициями и в лучших интересах Шотландии. Джеймс Стюарт был умен и хорошо образован; впервые он появился на сцене, когда плыл во Францию на одном корабле с Марией, чтобы начать обучение в Парижском университете. Ему прочили церковную карьеру и назначение приором Сент-Эндрюса, одного из богатейших аббатств в Шотландии; эту должность он занимал, будучи мирянином, и беззастенчиво пользовался всеми ее преимуществами.
Лорд Джеймс порвал с регентом в 1559 г. О его предательстве сообщили во Францию, высказав предположение о мотивах: он добивался регентства, а возможно, и самой короны. Действовал он хладнокровно, расчетливо и коварно. Стюарт сказал Марии де Гиз, что если она согласится на разумные требования к лордам, то он ее поддержит. В это же время он регулярно писал Сесилу, убеждая того помочь лордам в их стремлении навсегда изгнать французов из Шотландии.
В мае, когда Джон Нокс вернулся в Шотландию из Женевы и присоединился к лордам, события начали развиваться с невероятной скоростью. В своих проповедях Нокс нападал на папу и идолопоклонство мессы, что вызвало стихийное иконоборчество в Перте и Сент-Эндрюсе. Во время этих яростных актов гражданского неповиновения люди громили и разоряли церкви.
В августе лорды обратились к Англии за военной помощью в борьбе против регента. Сесил взвешивал все за и против в нескольких пространных записках, адресованных коллегам в английском Тайном совете. Сам он твердо стоял на стороне лордов, но прежде чем предпринимать какие-либо шаги, следовало убедить Елизавету и советников, что вооруженная интервенция ради свержения незаконного правительства и союз с мятежниками оправданны.