На требования красных пропустить отступающую группу Якира на север Махно ультимативно потребовал разоружения или перехода группы в его армию. 16 августа махновцы захватили часть Николаева. Махновцы и примкнувшие к ним моряки и солдаты РККА разгромили штаб 58-й дивизии. К Махно из Николаева были уведены 2 бронепоезда, ушло до тысячи красноармейцев. Вскоре к Махно перешли Одесский полк, Кубанский полк 45-й дивизии, кавалерийские части 58-й дивизии, полки 3-й и 4-й бригад. Ушедшие из РККА бойцы объединились в повстанческую бригаду махновского командира Калашникова (до 17 тысяч бойцов), которая 28 августа снова захватила Помашную. Этот бой стал последним крупным сражением махновцев против красных. Далее, 130 долгих дней, махновцы боролись исключительно против белогвардейцев.
Петлюровское повстанчество — то есть повстанчество, ориентированное на армию Петлюры, начало формироваться только с лета 1919 года, уже после поражений Григорьева, Зеленого и многих других независимых атаманов. Однако командование армии УНР не утвердило систематического руководства и связи с национальным повстанчеством. Связи с Петлюрой у атаманов были случайными, преимущественно они просили у Петлюры оружия, патронов, денег.
В июле 1919 года Главным атаманом всех повстанцев Украины объявил себя атаман Сатана — И. Малолитка, однако он не смог серьезно влиять на повстанческую стихию, как и Центральный Украинский повстанческий комитет — «Цупком» (которому подчинялся атаман Сатана), который создали украинские эсеры, оппозиционные Петлюре.
В сентябре 1919 года Главным атаманом повстанцев Петлюра утвердил атамана Н. Волоха. В октябре 1919 года к Елизаветграду, для организации восстания в тылу белых, из петлюровской армии были командированы атаманы Гулый-Гуленко и Мелашко с небольшими отрядами. В районе Таращи к этому времени укрепились атаманы Бондаренко и Кузьменко (командиры петлюровской армии). Пропетлюровской силой можно считать и повстанческую группу района Холодный Яр.
30 декабря 1919 года войска РККА выбили белых из Екатеринослава и вошли в соприкосновение с махновской армией, а 5 января 1920 года красные вступили в Александровск — центр махновского района. Махновская делегация предложила красным военный союз против Деникина и даже выразила согласие на подчинение советскому оперативному командованию, при соблюдении «автономии вольного района» и автономии Повстанческой армии. Но красные «просачивались» в махновский район, готовя операцию по окружению и уничтожению махновцев.
8 января 1919 года Реввоенсовет 14-й армии издал провокационный приказ в отношении частей Махно — «двигаться на польский фронт в район Мозыря, в распоряжение 12-й армии», причем невыполнение этого приказа должно было стать поводом для разгрома махновцев. В ответ махновцы заявили о своей независимости от штаба 12-й армии, о необходимости сначала подписать военный союз, признав автономию «махновского края». Пока этот союз не подписан, махновцы считали, что не может быть и речи о передислокации, переподчинении своей армии, и заявляли, что «…повстанческая армия сможет дать ответ на любые попытки покуситься на ее независимое существование».
9 января Всеукрревком огласил Махно и его командиров вне закона за неподчинение, «продажу Украины польским панам», заговор, грабежи, разложение частей, преступление анархистов в Москве,[38]
призвал беспощадно уничтожать махновцев. 9–13 января проходила крупномасштабная операция по уничтожению армии Махно силами 41, 42, 45, 46-й советских дивизий.На 8 января армия Махно состояла из 8–9 тысяч повстанцев (за последние два месяца сократясь на 80 %). Сам Махно, часть командиров армии, множество рядовых повстанцев были больны тифом. Повстанческая армия фактически потеряла способность к сопротивлению… Однако, несмотря на полное окружение махновских частей, из Александровска сумели вырваться: штаб Махно, часть кавалерии и части на тачанках. Во всем окруженном красными районе было захвачено в плен (в основном даже без сопротивления) до 4 тысяч махновцев, красным досталось 250 пулеметов, 24 пушки, аэроплан… Примерно 2 тысячи повстанцев разбежалось, а еще две — сумели вырваться в базовый район Гуляй-Поле — Новоспасовка. 11 января 1920 года на совете махновских командиров было решено — распустить армию по селам до 1 февраля 1920 года. Махновцы разошлись по теплым хатам… Крестьяне устали воевать и хотели мира, они выжидали — как начнет действовать советская власть, в третий раз установившаяся в Украине.