6 июня Махно был объявлен вне закона за «мятеж, предательство и открытие фронта белым». Начальник махновского штаба и ряд командиров бригады были арестованы и вскоре расстреляны чекистами. Махно самостоятельно ушел с поста комбрига, оставив бригаду воевать против белых. 7–9 июня он еще руководит обороной Гуляй-Поля, в ходе которой гибнут лучшие махновские части. Но к 10 июня махновская бригада распадается, а сам Махно с 300 всадниками скрывается «в неизвестном направлении». Его атаманы Щусь, Шуба, Платонов, Правда ушли к Павлограду, а группа Куриленко-Белаша осталась на фронте оборонять Бердянск и Токмак. Командарм Ворошилов в телеграмме Троцкому ехидно сообщал: «Махно разбит Шкуро вдребезги. Отдельные махнята вопят о защите и покровительстве советской власти».
8 июня командующий 14-й советской армией (занимала фронт в 640 км от Херсона до станции Ракитное и состояла из 43 тысяч штыков, 2 тысяч сабель, 117 орудий) Ворошилов подписывает приказ об общем контрнаступлении на Бердянск, Пологи, Гуляй-Поле. Ворошилов решился принять остатки шести махновских полков (до 7 тысяч бойцов, при 90 пулеметах, 9 пушках) в свою армию. 15 июня красные неожиданным ударом выбили белых из Гуляй-Поля, но удержать его смогли только несколько дней. При большом количестве войск 14-я армия оказалась неуправляемой, небоеспособной, охваченной пораженческими настроениями. Силы белых на этом участке исчислялись только в 15 тысяч штыков, 10 тысяч сабель, 67 орудий, и несмотря на это, белые успешно наступали.
Против махновцев белогвардейцы вновь повернули часть корпуса Шкуро, ударившего на Бердянск и Гуляй-Поле. В то же время от Гришина наступали части 1-го корпуса Кутепова (3 тысячи штыков и сабель, танки). 5-я пехотная дивизия белых — отряд генерала Виноградова (2 тысячи штыков) устремилась к Мелитополю и Геническу, надеясь отсечь Крымскую советскую армию Дыбенко от материка. И хотя 22 июня морской десант белых у Геническа не смог выполнить эту задачу, через несколько дней части генералов Виноградова и Шкуро прорвали красную оборону у Мелитополя и устремились к Чонгару и Перекопу. 28 июня отряд Виноградова занял Мелитополь, но к этому времени Крымская армия уже успела выйти из Крыма и закрепиться в районе Перекоп — Херсон. Наступление белых через Северную Таврию к Херсону было на несколько дней остановлено крестьянским отрядом анархиста Зубкова (400 бойцов). Только к 5 июля конница белых вышла к устью Днепра.
Уже 12 июня белогвардейская конница стала угрожать Екатеринославу, который был объявлен Троцким «крепостным районом», и удерживалась дивизией Федько. К 20 июля белые захватили станции Синельниково и Лозовая, Павлоград и Новомосковск, а через 10 дней пал и «город-крепость» Екатеринослав. Причем город был захвачен всего несколькими сотнями казаков, которые обошли оборону противника и, захватив мост через Днепр, ворвались в город. Всеобщая паника и бегство из Екатеринослава советских частей привели к пленению нескольких тысяч красногвардейцев. Но из-за малочисленности белогвардейцев удержать город можно было только постоянно наступая, не давая врагу закрепиться на позициях и перейти в контрнаступление. Белогвардейцы прорвались на 50 км западнее Екатеринослава, на Правобережье (до ст. Верховцево), а далее еще на 100 км в глубь украинских степей к Знаменке и Кременчугу,
17 мая 1919 года произошли новые десантные операции белого флота, когда десантный отряд капитана Собецкого помог наземным частям белых выбить махновцев из Мариуполя, а 6 июня — из Бердянска.
В момент наступления белогвардейцев в Донбассе и Приазовье в Крыму также началось наступление. 18 июня 1919 года у Коктебеля с транспорта «Кагул» был высажен десант генерала Слащова (отряд из 160 человек при 10 пулеметах полковника Королькова), который отрезал Феодосию и ударил в тыл фронтовых позиций красных. Белый десант у Геническа 22 июня 1919 года (отряд генерала Залесского в 500 бойцов) был полностью разбит, и около ста белогвардейцев оказались в плену или были убиты.
3-й корпус белых генерала Шиллинга (который вырос до 6 тысяч штыков и сабель) одновременно с отрядом Слащова прорвал оборону армии Дыбенко. 24 июня 1919 года белые с легкостью захватили покинутый войсками Дыбенко Симферополь. Крымская советская армия, оказавшись под угрозой полного окружения, стала панически отступать и к 26 июня уже была на Перекопе. В начале июля, преследуя армию Дыбенко, 3-й корпус вышел из Крыма и, при поддержке артиллерии кораблей Антанты, начал наступление на Херсон и Александровск.
Белое командование сформировало ударную группу генерала Юзефовича (в 6 тысяч штыков и сабель, из отдельных полков 2-го пехотного и 5-го кавалерийского корпусов), который после захвата белыми Павлограда повел наступление на север, вдоль Днепра, в направлении Полтава — Киев.