10 марта 1918 года Народный секретариат выехал из Полтавы в Екатеринослав, ввиду опасности сдачи Полтавы и внутреннего конфликта. К этому времени секретари узнали о подписании ленинским правительством Брестского договора с Германией, по которому Советская Украина «уступалась» Центральной Раде и австро-германским войскам. Часть секретарей (Е. Бош, Г. Пятаков) были шокированы этим сообщением и отказались от своих постов, решив уйти на фронт простыми политработниками. Их несогласие с ленинским планом вызвало правительственный кризис в Советской Украине.
Амбициозный Антонов-Овсеенко стремился к установлению режима красной военной диктатуры, и обострившийся военный конфликт способствовал этому. Антонов-Овсеенко предложил большевистскому руководству немедленно создать военный союз «советских республик Юга»: Украины, Одесской и Донецко-Криворожской республик, Крымской области.[22]
Но Одесская, Донецко-Криворожская республики и Крым не признали приоритета центральной власти за Народным секретариатом и решили обороняться самостоятельно. Антонов-Овсеенко назначил левого эсера Ю. Саблина командующим 4-й армией, левого эсера В. Киквидзе — командующим Полтавским фронтом, большевика Примакова — командующим Бахмачским фронтом, Коляденко — командующим Знаменским фронтом. Но В. Киквидзе скоро вышел из строя из-за тяжелой контузии, полученной В бою за Гребенку.Антонов-Овсеенко решил развернуть партизанскую войну против интервентов, пытаясь организовать крестьянство Полтавщины и Харьковщины в партизанские отряды. Но ни времени, ни кадров, ни средств уже не было…
Деятельность нового главы Народного секретариата Николая Скрыпника[23]
началась с острого конфликта с Антоновым-Овсеенко. Антонов-Овсеенко считал Народный секретариат маловлиятельным, ничего не решающим, марионеточным правительством и прислушивался только к указаниям из России. Он упорно называло Украину просто «Югом России», считая себя вправе вмешиваться во все дела республики..Зная о «качествах» своих войск, Антонов-Овсеенко думал «притянуть» в Украину советские войска из России. Но он смог добиться только направления в помощь Украине малочисленных отрядов Р. Сиверса и Ю. Саблина из Донской области, общая численность которых составила всего чуть более 3 тысяч бойцов. Колонна Р. Сиверса (до 2 тысяч штыков) была переброшена с Дона для обороны Черниговщины, но опоздала. Чернигов был сдан германским войскам уже 12 марта. После сдачи Чернигова армия Сиверса была направлена в район стратегической станции Бахмач (восток Черниговщины), куда уже к 13 марта беспрепятственно подошли немецкие силы. Заняв оборону вокруг Бахмача, отряд Сиверса получил название 5-й революционной армии (состояла примерно из 3,5 тысячи штыков, увеличилась за счет присоединения к отряду Сиверса частей сербских и чешских интернационалистов, петроградских, харьковских и винницких красногвардейцев, отряда красного, казачества). С этими небольшими силами 5-я армия пыталась остановить наступление немецких эшелонов Северной колонны (27-й германский корпус) и отдельных отрядов армии УНР, прикрывая путь на Новгород-Северский и Глухов. Однако эти, уже побывавшие в серьезных боях, потрепанные отряды всячески стремились не вступать в бои с немецкими и австрийскими регулярными частями.
Чехословацкий корпус, не успев эвакуироваться с украинских земель, до прихода немцев вынужден был также ввязаться в бой у станции Бахмач, приняв на себя часть немецкого удара. Скрыпник тогда телеграфировал в Центр: «Чехословаки сражаются с немцами хорошо, но держатся двусмысленно по отношению к гайдамакам, пропуская их мимо себя, фронтовые части в общей массе не дееспособны». Недееспособность всей армии вылилась в сдачу Бахмача 15 марта 1918 года (после первого же боя с главными германскими силами) и бегство армии в направлении на юго-восток, к городку Ромны и дальше к границе Советской России, к Путивлю, сосредоточившись на мнимой обороне этого района России. В северо-восточном районе Черниговщины, у Новозыбкова, немногочисленным отрядам Берзина и Ремнева (1,5 тысячи штыков) приказано было сдерживать немецкие войска. Но они уже не представляли какой-либо боевой силы, разложились, терроризируя местное население, отступали при появлении сил противника.