Тем не менее, 12 марта 1966 года Государственная комиссия на своем заседании окончательно утвердила экипажи в составе: основной экипаж - Борис Волынов и Георгий Шонин, дублирующий экипаж – Георгий Береговой и Владимир Шаталов.
Но испытания системы жизнеобеспечения в марте снова оказались неудачными и были прекращены на девятнадцатые сутки эксперимента.
В конце месяца, 27 марта, произошла неприятность с ракетой-носителем. На участке выведения на околоземную орбиту спутника связи «Молния-1» отказала третья ступень ракеты - ракетный блок «И», который по конструкции был аналогичен ракетному блоку для запуска космического корабля «Восход-3». Понадобилось время на выяснение причин отказа и их устранение. Поэтому запуск «Восхода-3» и в апреле 1966 года стал невозможен. Более того, 13 апреля при испытаниях на специальном стенде разрушился еще один ракетный блок «И».
Всех космонавтов, которые готовились к полету, отправили в отпуск на Черное море. Запуск «Восхода-3» предварительно перенесли на конец мая.
Борис Волынов, Георгий Шонин и их дублеры Георгий Береговой и Владимир Шаталов уже фактически приняли «Восход – 3» к эксплуатации. Программа полета тоже была утверждена, и космонавты были готовы к ее выполнению. Теперь оставалось только вылететь на Байконур, вывезти на стартовую позицию ракету-носитель с космическим кораблем и отправиться в самую длительную по тем временам космическую экспедицию.
Но старт очередного советского космического корабля в 1966 году так и не состоялся. 10 мая 1966 года, за две недели до запланированного запуска, прошло заседание Военно-промышленной комиссии под председательством заместителя Председателя Совмина СССР Л.В.Смирнова. Председатель Государственной комиссии Г.А.Тюлин, главный конструктор ОКБ-1 В.П.Мишин, руководитель подготовки космонавтов генерал Н.П.Каманин доложили, что все готово к пуску 25-28 мая космического корабля «Восход-3». Но, заслушав все доклады, Л.В.Смирнов неожиданно высказался за отмену космического полета, мотивировав свое предложение тем, что полет длительностью в 18-20 суток не даст ничего нового ни науке, ни обороне страны. Кроме того, осуществление полета «Восхода-3» якобы существенно задержит работу над перспективным космическим кораблем 7К-ОК «Союз» и в 1966 году не удастся запустить его на орбиту. Была и политическая причина: якобы полет без маневра на орбите и без стыковки покажет отставание СССР от США и будет воспринят мировой общественностью как доказательство превосходства американцев.