Подготовка космических экипажей вступила в завершающую стадию. Неожиданно выяснилось, что тренажер «Восхода» в Звездном городке используется настолько плотно, что это вредит качественной подготовке экипажей. Генерал Каманин принял решение расформировать резервный экипаж в составе Виктора Горбатко и Георгия Катыса и готовить к полету только четверку космонавтов: основной экипаж Борис Волынов – Георгий Шонин и дублирующий экипаж Георгий Береговой – Владимир Шаталов.
Но чем ближе была предполагаемая дата запуска в космос «Восхода-3», тем больше проблем стало появляться. Так, генерал Каманин решил лично присутствовать на тренировке Георгия Берегового и Владимира Шаталова в учебном корабле «Восход». В ходе тренировки выяснилось, что на тренажере еще много отказов оборудования. Особенно плохо работала система военного эксперимента «Свинец». Этот эксперимент был одним из самых важных и трудных в предстоящем полете. В различных пунктах и в разное время на территории СССР предполагалось осуществить запуск четырех баллистических ракет без боевой полезной нагрузки. Экипаж «Восхода-3» должен был визуально наблюдать пуски ракет и специальной аппаратурой засечь их тепловое излучение. Этот эксперимент был крайне необходим для создания средств противоракетной обороны с использованием пилотируемых орбитальных станций.
Весной 1966 года, когда подготовка «Восхода–3» вступила уже в завершающую фазу, неожиданно начали всплывать новые технические проблемы и нерешенные вопросы, которые могли в перспективе серьезно осложнить всю космическую экспедицию. Так, например, выяснилось, что среди оборудования кабины корабля отсутствует устройство для замера расхода воды. Предполагалось, что в полете каждый из космонавтов будет потреблять около двух литров воды в сутки. Ее расход предлагалось измерять глотками. Но ведь космонавты в полете должны были употреблять воду не только для питья, но и для смачивания обезвоженной пищи. Измерить расход воды глотками в этом случае было совершенно невозможно.