Экипажи начали тренировки. В течение полугода программа полета была детализирована и отработана. Космонавты хорошо изучили корабль, на котором предстояло подняться в космос.
Но техника еще не была готова к предстоящей сложнейшей космической экспедиции. В начале ноября Каманин собирает в Центре подготовки второй отряд космонавтов, которым командует Георгий Береговой, и довольно долго беседует с офицерами, выясняя степень их готовности к будущим космическим рейсам. Более всего генерала интересовала работа будущих космонавтов в конструкторских бюро и научных институтах. Оценив уровень общей подготовки Берегового, Шаталова, Демина, Губарева, Воронова и других как достаточно высокий, генерал решает поручить космонавтов подготовку еще одной перспективной темы. На конец ноября им была запланирована конференция с докладами на очень актуальные по тем временам темы: пилотируемый облет Луны, экспедиция на Луну с высадкой космонавтов на ее поверхность, управление орбитальными и межпланетными полетами, подготовка аппаратуры жизнеобеспечения для длительных космических рейсов и многое другое.
24 ноября 1965 года Сергей Павлович Королев пришел к выводу, что эксперимент по искусственной тяжести не готов к осуществлению и в ближайшие год-два еще готов не будет. Кроме того, задерживалась и подготовка программы военно-прикладных экспериментов на околоземной орбите. Поэтому Королев предложил выполнить полет длительностью не 15, а 20 суток с двумя космонавтами на борту «Восхода-3». Была еще и политическая причина для такого решения: в декабре 1965 года США намеревались запустить в космос космический корабль «Джемини-7» с космонавтами Фрэнком Борманом и Джеймсом Ловеллом, которые должны были пробыть на околоземной орбите не менее 14 суток. Но выяснилось, что система жизнеобеспечения «Восхода» была рассчитана только на полет в течение 12-15 суток. Чтобы провести ее усовершенствование, полет космического корабля был перенесен с ноября 1965 года на январь 1966 года.