С 1882 года под руководством Главного начальника флота и Морского Ведомства великого князя Алексея Александровича и морского министра вице-адмирала И. Шестакова утверждается новая кораблестроительная программа и ряд реформ, определивших развитие флота до конца XIX века. Первоочередной задачей признавалось возрождение Черноморского флота, а также сохранение и расширение своих позиций на Балтике. Балтийские порты должны были стать местом дислокации эскадры или отряда крейсеров и служить резервом для Дальнего Востока. Сторонником "балтийской ориентации" стал и новый Управляющий Морским министерством вице-адмирал Н. Чихачев, заменивший в ноябре 1888 года умершего И. Шестакова. По его же настоянию началось строительство незамерзающего порта в Либаве (сейчас — г. Лиепая), который позволял вести военно-морские операции в течение всего года. По судостроительной программе 1881 года уже к 1896 году было построено 15 эскадренных броненосцев, 3 броненосца береговой обороны, 10 крейсеров, 14 канонерских лодок и 72 миноносца, в том числе для Черноморского флота, броненосцы "Екатерина II", «Чесма», «Синоп», что ознаменовало возрождение военно-морского флота на Черном море. В это время произошло сближение позиций России и Франции, чему способствовали взаимные визиты соединений флота в период 1891–1892 годов. В результате, как считают военные специалисты, сумма военно-морских потенциалов России и Франции намного превосходила морскую мощь стран Тройственного Союза [29].
Одним из важных детищ вел. кн. Алексея Александровича, как уже упоминалось, была закладка Либавского коммерческого и военного портов.
Либава в XIX столетии была маленьким городком на балтийской окраине в Курляндии. Многие специалисты, и в том числе С. Ю. Витте, отрицательно относились к тому, чтобы устроить наш морской опорный пункт в Либаве и, в свою очередь, предлагали более удобный город Мурман в Екатерининской гавани, которая должна была соединиться железной дорогой с Петербургом.
Несмотря на наличие оппозиции, великий князь Алексей Александрович настоял на том, чтобы главный аванпорт России располагался именно в Либаве и тем самым поддержал точку зрения военных теоретиков Чихачева и Обручева. 12 августа 1893 года состоялась торжественная закладка Либавского коммерческого и военного порта. На церемонию прибыла императорская яхта "Полярная звезда" с императором Александром III и императрицей Марией Федоровной, а также членами Августейшей фамилии. По сему случаю был устроен смотр балтийского флота, в котором приняли участие шесть миноносцев «Виндава», «Нарва», «Котлин», «Моонзунд», «Гангаль», канонерские лодки «Грозящий» и «Отважный», минные крейсеры «Воевода» и «Посадник» и три яхты — «Славянка», «Царевна» и "Полярная звезда".
"По объезде линии судов Государь и царская фамилия пристали к павильону закладки. Здесь на пристани Их императорских величеств встретили министр путей сообщения, морские власти и контрагенты…, которые поднесли на блюде хлеб- соль Государю и букет из роскошных роз и орхидей Государыне… Государь, наследник-цесаревич и генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович были в морской форме, а великий князь Михаил Александрович в форме морского кадета" [10, 1893 г].
Порту в Либаве было присвоено имя императора Александра III. Как уже указывалось ранее, С. Ю. Витте считал решение базироваться в Либаве печальным событием, приведшим, по его мнению, к поискам выхода в открытое море на Дальнем Востоке и, в свою очередь, приведшим к захвату Порт-Артура и, впоследствии, к Цусиме.
Несмотря на негативное отношение С. Ю. Витте к некоторым решениям генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича, он всегда считал его человеком честным, благородным и прямым, в отличие от стремившегося занять его место великого князя Александра Михайловича, "который обратил бы все морское министерство в рассадник всевозможных интриг" [8, т. 2, с. 22].
В круг основных обязанностей генерал-адмирала входило участие в смотрах судов флота на различных рейдах, в маневрах, закладках новых судов и портов, открытии каналов. Он управлял деятельностью заводов Морского ведомства; был почетным членом многочисленных организаций. Назовем лишь некоторые из них: шеф морского кадетского корпуса, попечитель Морской офицерской библиотеки, член кораблестроительного и артиллерийского отделений Морского технического комитета, почетный член Общества для содействия русскому торговому мореходству, почетный член Николаевской Морской Академии и других организаций и обществ.
Кроме того, еженедельно генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович был обязан докладывать о делах своего ведомства императору Николаю II.
Князь Волконский в своих мемуарах зафиксировал яркую картину отъезда великого князя в Царское Село.