Воеводы боялись сообщать в Москву о своих неудачах, и царь Борис перестал получать с фронтов достоверную информацию. 13 апреля, не выдержав напряженной ситуации, он скончался от апоплексического удара. Мария Григорьевна с детьми попала в очень тяжелое положение: около них не оказалось ни одного мудрого советчика, способного подсказать единственно верный ход. (Опытный политик Д. И. Годунов скончался на рубеже 1604–1605 годов.) Царевич Федор, которому к тому времени исполнилось 16 лет, должен был встать во главе войска и в решающей схватке с самозванцем доказать, что достоин царского трона больше, чем беглый монах и обманщик.
Сам Федор Борисович оказался неспособным на столь решительный и смелый шаг, ведь отец готовил его не к войнам, а к мирному управлению процветающей и покорной страной. Мария Григорьевна, как всякая любящая мать, не могла и подумать о том, чтобы ее сын вступил в схватку с безжалостным врагом. Она полагала, что под ее опекой и зашитой тот будет в безопасности.
Поэтому сразу после того, как царь Борис был горько оплакан и с пышностью похоронен в Архангельском соборе рядом с Иваном Грозным и Федором Ивановичем, официально объявили, что правителями страны становятся царица Мария Григорьевна и царевич Федор Борисович. Население обязали дать им присягу. Многие стали это делать, но совершенно неискренне, надеясь в скором времени переметнуться на сторону Дмитрия. Тут же поползли слухи, что царя Бориса настигла справедливая «Божья кара» за все его преступления. Некоторые же считали, что Годунов отравился сам, чувствуя бесперспективность борьбы с «подлинным царским сыном», настоящим наследником престола.
Но Мария Григорьевна ничего этого не знала. Она надеялась, что щедрые раздачи поминок по умершему мужу остановят подданных от измены (за 6 недель было роздано 70 тысяч рублей), а коронация закрепит царский трон за ее сыном. Поэтому в Москву были отозваны главные военачальники, которым следовало принять участие в церемонии венчания Федора на царство. В итоге войско оказалось без таких опытных и не склонных к измене полководцев, как Ф. И. Мстиславский, В. И. Шуйский и его брат Дмитрий Иванович (свояк Марии Григорьевны).
Новыми назначениями в армии занялся С. Н. Годунов, более известный как главный царский наушник и сплетник. На лучшие должности он назначил своих родственников, особенно благоволя к зятю А. А. Телятевскому. Главнокомандующим должен был стать князь М. П. Катырев-Ростовский, склонный к конфронтации с окружающими человек. Под стать ему был и другой военачальник, 3. И. Сабуров, состоявший в родстве с Годуновыми. В итоге в руководстве полков вспыхнули местнические споры, которые в Москве не смогли или не захотели разрешить. Там все были озабочены составлением чина венчания на царство Федора Борисовича и, казалось, совершенно забыли о грозном сопернике Лжедмитрии. Тот же. напротив, не дремал. Его сторонники по всей стране проводили умелую агитацию. Проникли они и в царское войско, ставшее совершенно недееспособным из-за местничества и неопределенной ситуации в стране.
В итоге 7 мая 1605 года большая часть армии Годунова перешла на сторону Лжедмитрия и присягнула ему. Зашишать московских правителей стало некому.
Но даже в этой критической ситуации Мария Григорьевна с детьми могли бы спастись, если бы бежали за границу, например в Англию, куда нс раз хотел уехать Иван Грозный, в конце жизни уже опасавшийся своих подданных. У Б. Ф. Годунова с королевой Елизаветой были самые дружеские отношения, поэтому его семья могла рассчитывать при королевском дворе на защиту и помощь. Однако новые московские правители сочли, что кремлевские стены защитят их от любых врагов, и с места не сдвинулись. Они даже не усилили охрану Кремля и беспечно держали открытыми все ворота.
В итоге 1 июля москвичи, спровоцированные гонцами Лжедмитрия на восстание, без какого-либо препятствия ворвались в царский дворец и свергли с престола и Марию Григорьевну, и ее сына. Всех Годуновых под конвоем отвели на старый боярский двор и стали ждать указаний из ставки самозванца.
А пока разграбили царские подвалы и кладовые, где были обнаружены большие запасы спиртных напитков. Во время погромов нашли восковую фигуру ангела, служившую для отливки золотой статуи. Упившаяся чернь почему-то решила, что именно такая фигура была похоронена вместо царя Бориса, а сам он бежал за границу. Это послужило сигналом для осквернения его захоронения. Труп царя был выброшен из гробницы и под улюлюканье толпы оттащен в убогий Варсонофиевский монастырь на окраине города. На дороги были посланы конные отряды для поимки царя-беглеца.
Обо всем этом с ужасом рассказывали Марии Григорьевне и ее детям слуги, испытывавшие сочувствие к пленникам. Естественно, такие вести повергли царицу в шок и заставили Ксению горько плакать. Становилось ясно, что в москвичей вселились бесы и ждать пощады от них было невозможно.