Неясно, где находилась казарма Ивана Антоновича и имеет ли она какое-либо отношение к знаменитому впоследствии Секретному дому во дворе крепости. Эта страшная тюрьма во второй половине XVIII в. стала главным узилищем для государственных и других опасных преступников. В 1794 г. кроме «отставного поручика Новикова», его друга доктора Багрянского и слуги в Секретном доме сидели еще пятеро: два фальшивомонетчика, «буйного поведения» пономарский сын Григорий Зайцев, у которого ревизор обнаружил на лбу огромную шишку «от полагаемых частых земных поклонов», а также богоотступник Протопопов и некий Карнович, бывший поручик, торговавший чужими крепостными, сочинявший фальшивые паспорта и печати, к тому же обвиненный, как и Зайцев, «в дерзком разглашении», правда, неясно чего (см. 208, 238 242).
Узников Секретного дома содержали строго по инструкции. В ней предписывалось держать имя арестанта в секрете даже для охраны, узник находился в полной изоляции от других заключенных и посетителей, охране строго запрещалось разговаривать с ним. Часовые должны были следить, чтобы не было побегов и самоубийств. Кроме того, в инструкции обязательно определяли довольствие узника из расчета 3–5, во второй половине XVIII в. — 20–30 копеек в сутки (208, 248–253).
Камеры обыскивали и у заключенных отбирали запрещенные или подозрительные предметы и особенно бумагу и перья. Начальник охраны регулярно писал отчеты на имя коменданта или старшего начальника, а тот периодически (раз в квартал или в полгода) рапортовал о поведении и разговорах узника «из подозрительного» в Петербург, нередко прямо генерал-прокурору или кому-то из высших должностных лиц империи.В более удобных условиях находились присланные в крепость «на житье»
. Они получали жилье (по-видимому, в казармах гарнизона), им разрешали взять с собой семью, иметь перо и бумагу. Один из узников, Николай Чоглоков, даже женился на дочери коменданта крепости Бередникова, и она народила ему восьмерых детей (633-10, 441). Таким заключенным разрешались в сопровождении охраны прогулки по крепостному двору, а родственников узника выпускали за пределы крепости на городской базар. Так жила семья алхимика и экономиста Филиппа Беликова, который в 1745 г. объявил, что может сочинить две книги, идеи которых принесут казне большой доход. Власти поощряли всевозможных прибыльщиков, поэтому отнеслись к Беликову хорошо, освободили его из сибирской ссылки, куда он попал ранее по неизвестной нам причине, и вместе с семьей отправили в Шлиссельбург «для лучшего сочинения оных (книг. — Е.А.)». Первая книга, «Натуральная экономия», была закончена Беликовым уже через год и вызвала сомнения в умственном здоровье сочинителя, тем не менее ему разрешили сочинять обещанную им алхимическую книгу. С ее написанием у Беликова возникли проблемы, как творческие, так и бытовые, — жить на 25 копеек в день ему не нравилось, семья же алхимика постоянно увеличивалась. Случай с Беликовым уникален, судьбы сочинителей в России были всегда несколько иные. Как отмечал большой специалист тюремной истории М.Н. Гернет, «царское правительство за время своего существования пересажало немало авторов в крепости и тюрьмы за то, что они писали. Беликов же был заключен в Шлиссельбургскую крепость не за то, что он писал, а для того, чтобы он писал». Правда, толку от сидения автора не было никакого, через 18 лет его выпустили, но он так и не закончил свой труд (208, 233).