Екатерина Николаевна тщательно следила за качеством выпускаемых изделий, направляя деятельность компании на дальнейшее развитие и совершенствование производства. На фабрике широко использовались самые передовые по тем временам усовершенствования в области технологии табачного производства, позволявшие экономить труд и оберегать здоровье рабочих. На смену ручным станкам, требовавшим тяжелого труда при крошке табака, в 1880-е годы пришли специальные механические станки с двигательной силой от газового мотора; ручная раструска крошеного табака для устранения едкой табачной пыли стала производиться машиной в закрытых барабанах. Ручная клейка гильз для папирос постепенно заменялась машинным способом приготовления гильз без клея. Первые гильзовые машины на табачных фабриках Петербурга были поставлены на фабрике «А. Н. Шапошников» в 1888 году — значительно раньше, чем на других подобных предприятиях. И тут надо сказать несколько слов об одном из механиков, работавшем на фабрике Шапошникова.
Иван Александрович Семенов, выпускник Технологического института, поступил на фабрику в 1887 году, а уже спустя два года сконструировал более производительную гильзовую машину для табачной промышленности. Спустя несколько лет при материальной поддержке фирм А. Н. Шапошникова и А. Н. Богданова он открыл на углу Обводного канала и Серпуховской улицы собственную механическую мастерскую по производству гильзомундштучных и табачно-набивных машин. Накануне Первой мировой войны Семенов являлся владельцем механического завода табачных машин с 450 рабочими. Продукция этого завода, основанного в 1890 году на Карповке, была отмечена золотыми медалями на Всемирной выставке в Париже в 1902 году и на Всероссийской промышленной выставке в Петербурге в 1903 году. Семенов, кроме того, владел лесопильным заводом и столярной фабрикой в Старой Деревне, основным пайщиком которых была Шапошникова. Уже в советское время, в 1922 году, на базе механического завода Семенова был создан механический завод им. Макса Гельца (деятель германского рабочего движения), а в 1946-м — Ленинградский завод полиграфических машин (позднее — производственное объединение «Ленполиграфмаш»).
Радея о развитии производства и улучшении качества продукции, Шапошникова не забывала о рабочих, неизменно откликалась на их нужды, помогала работникам фабрики и их семьям в случае болезни кого-нибудь из них. По возможности щедро награждала рабочих, проявлявших особое прилежание и трудолюбие.
В 1883 году при фабрике были устроены для рабочих лечебница и аптека с бесплатным отпуском лекарств и перевязочных материалов, имелись свои врач и фельдшер. Для матерей, работавших на фабрике и не имевших возможности оставлять малолетних и грудных детей дома в рабочие дни, были устроены ясли. В праздничные дни на фабрике проводились религиозные православные беседы, которые посещали и те, кто на фабрике не работал. Была открыта и библиотека с бесплатным отпуском книг на дом. В 1898 году, в память двадцатипятилетия со дня основания фабрики «А. Н. Шапошников», Екатерина Николаевна сделала пожертвование отделению Всероссийского общества трезвости на устройство дешевых квартир, которыми могли пользоваться и некоторые из отличившихся усердием рабочих фабрики. Екатерина Николаевна была председателем Забалкано-Нарвского отделения Общества попечения о бедных и больных детях. В праздничные дни, чтобы отвлечь рабочих от пьянства, им предлагалось принять участие в беседах религиозно-нравственного содержания, и многие (в том числе и посторонние) откликались на эти приглашения.
Развивавшееся производство табачных изделий, прежде всего папирос, давало возможность хозяйке фабрики установить хорошее жалованье значительному числу рабочих, особенно женщинам.
В 1875 году число рабочих на фабрике составило 80 человек, в 1896-м — более тысячи, в том числе около 850 женщин (точнее — 125 мужчин, 7 мальчиков, 825 женщин и 17 девочек). Дети занимались оклейкой бандеролью пакетов и присматривали за механическими станками, зарабатывая от двух до трех рублей в неделю.
В 1897 году было развернуто строительство во дворе фабрики: построены новые здания рабочих общежитий, отвечающих всем санитарным и гигиеническим нормам того времени (архитектор В. П. Цейдлер).
Увеличение объемов производства фабрики в 1880-е годы вызвало необходимость расширения складского хозяйства фирмы. Были устроены склады листового табака в Крыму и на Кавказе. Первый склад был открыт в Бахчисарае в 1885 году. Устройство таких региональных складов избавляло производителей табака от необходимости иметь дело с сезонными спекулянтами.
Сбыт фабричной продукции не ограничивался уже освоенными рынками, а распространялся на всю Россию и на рынки иностранные. С 1873 по 1898 год главный рынок сбыта находился в Варшаве, где компания сотрудничала со многими известными торговыми домами. Это взаимовыгодное сотрудничество и обоюдное доверие на почве общих интересов служили развитию и укреплению авторитета фабрики в Царстве Польском.