В декабре 1917-го в советское правительство вошли представители партии левых эсеров. Один из них, Исаак Штейнберг, возглавил Наркомат юстиции, получив возможность контролировать работу ВЧК. Между ним и Дзержинским сразу стали возникать конфликты, которые не раз разбирались на заседаниях Совнаркома. Штейнберг следит, чтобы комиссия не присваивала себе карательных функций. В этом смысле он стоит на букве тогдашнего закона.
Правда, кое-что и в деятельности либерального наркома вызывает смущение. Доктор Иван Ману-хин, в ту пору представитель Политического Красного Креста, вытащивший из советской тюрьмы два десятка человек, в эмиграции написал воспоминания. Процедура освобождения, с его слов, выглядела так. Выпуская очередного заключенного на поруки, Штейнберг от лица правительства требовал «известную сумму» в залог. Размер залога он определял сам, исходя из платежеспособности освобождаемого. Разрешалось поторговаться. За министра Временного правительства Кишкина уплачено три тысячи рублей. Максимальный размер «выкупа», известный Манухину, составил 100 тысяч рублей. Больше ни у кого из «буржуев» просто не оказалось, банки же были национализированы. А старый революционер Бурцев (разоблачитель Азефа) с возмущением отказался платить за свое освобождение. Выпустили даром во избежание скандала.
В январе в руководящие органы ВЧК ввели нескольких левых эсеров. Один из них, Петр Александрович, стал заместителем Дзержинского. До поры до времени это не создавало комиссии проблем.
9 марта комендант Смольного Мальков получает секретное распоряжение от управделами Совнаркома Бонч-Бруевича:
«Завтра к 10 утра вы должны прибыть по адресу: станция “Цветочная площадка” за Московскими воротами. Пройдя ворота, надо свернуть налево по Заставской улице и, дойдя до забора, охраняющего полотно железной дороги, свернуть направо по дороге. И тут вблизи будет железнодорожная платформа. Здесь стоит поезд, в котором поедет Совет Народных Комиссаров. С этим поездом поедет 100 человек латышей, которые должны будут нести охрану поезда во время движения. Озаботьтесь, чтобы всем латышам было отпущено надлежащее довольствие».
В ночь на 11 марта поезд под охраной «100 человек латышей», ощетинившийся пулеметами и винтовками, отправился в Москву. Питерские революционные матросы и солдаты могли и задержать вождей. Этот переезд в условиях сохраняющейся военной опасности напоминал бегство. Сразу родил-с я слух, что город готовят к сдаче немцам. Уезжая, вожди обещали вернуться... ну, вот совсем скоро.
И эту секретную операцию, отметим, поручают не Дзержинскому. Еще раньше, 1 января, неизвестные обстреляли машину Ленина, легко ранив швейцарского социалиста Платтена. Покушение расследовала «75-я комната». ВЧК по-прежнему — всего лишь одна из чрезвычайных комиссий...
В новой столице ВЧК разместилась сначала в особняке на Поварской улице, а 30 марта переехала в здание бывшего страхового общества «Якорь» по адресу: Большая Лубянка, 11. Вождей временно поселили в гостинице «Националь». Феликс Эдмундович здесь появлялся редко, поскольку ночевал в своем кабинете или на квартире у сестры. Только весной следующего года, когда из-за границы приедут Софья Сигизмундовна и Ясик, Дзержинские займут квартиру в Кремле.
В Москве питерские большевики почувствовали, будто вернулись в дни Февраля. Местный Совет мирится с двоевластием. В нем сильны позиции анархистов. Они выпускают две газеты — «Анархия» и «Голос труда», имеют легальные вооруженные отряды, большие запасы пулеметов, бомб и даже легких орудий, которые получают с советских военных складов. Идейные последователи князя Кропоткина считаются истинными революционерами, их представители входят во ВЦИК. Но к «идейным», объясняют большевики, примазывается разный уголовный сброд. Отряды анархистов-уго-ловников от лица власти проводят самочинные аресты, обыски, на их счет относят убийства и ограбления, которые каждый день совершаются в столице. К тому времени они заняли в Москве 26 особняков. Годом раньше большевики так же бесцеремонно обосновались в особняке Кшесинской в Петрограде. Балерина выигрывала суды, но это ей не помогало. Но только Ленин — не Керенский...
В ночь на 12 апреля чекисты вместе с латышскими стрелками приступили к ликвидации баз «черной гвардии». Ожесточенный бой разгорелся за здание бывшего купеческого клуба (ныне театр Ленком на Малой Дмитровке). В ходе операции погибло 12 чекистов. 66 анархистов были арестованы, некоторые впоследствии осуждены за грабежи. Дзержинский сообщил, что преступность в городе сразу снизилась на 80 процентов.
13 апреля в московских газетах появилось обращение председателя ВЧК к жителям столицы: «Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией при Совете Народных Комиссаров приглашает всех граждан, пострадавших от вооруженных ограблений, явиться в уголовно-розыскную милицию (3-й Знаменский переулок) для опознания грабителей, задержанных при разоружении анархистских групп, в течение 3 дней от 12 ч. до 2 ч., считая первым днем 13 апреля».