В те самые годы, когда в Алжире свирепствовала гражданская война, Египет захлестнула волна насилия, в которой опять же государство противостояло радикальным исламистским группам. В 1992 году, когда в алжирской столице начинались убийства и теракты, власти интернировали активистов ИФС в исправительные лагеря в пустыне, а в горах формировались вооруженные отряды ДИГ и ВИГ, «Гамаа исламийя» расправилась в Каире со светским писателем Фарагом Фодой и бесчинствовала на юге долины Нила. Ее боевики, преследовавшие и убивавшие представителей христианского меньшинства — коптов, приступили в тот год к систематическому истреблению туристов и офицеров сил безопасности. В декабре 14 тысяч солдат и полицейских заняли и «очистили» народный квартал Имбаба на окраине столицы, который «Гамаа» превратила в «освобожденную исламскую зону» — подобие бедных алжирских кварталов Эвкалиптов или Бараки. Эта одновременная эскалация насилия в двух странах происходила в год захвата Кабула моджахедами. Многие сотни алжирских и египетских «афганцев» вернулись домой. Пройдя в Пешаваре школу «салафизма-джихадизма», они способствовали радикализации местного джихада, привнеся в него свой интернациональный опыт. В обеих странах режим также столкнулся с успехом «умеренных» исламистов в борьбе за симпатии средних классов: Мубарак не пошел на риск победы исламистов на парламентских выборах, подобной победе ИФС в декабре 1991 года, однако египетские «Братья-мусульмане» продемонстрировали свою силу в тех социально-политических нишах, которые были для них открыты. В сентябре они одержали верх на выборах в союз адвокатов, завершив тем самым подчинение профессиональных союзов (медиков, инженеров, дантистов, фармацевтов), объединявших египетскую дипломированную мелкую буржуазию. 12 октября, после землетрясения, унесшего жизни более 500 человек и оставившего без крова 50 тысяч жителей Каира, «Братья» взяли в свои руки организацию оказания помощи пострадавшим, опережая в этом неповоротливую государственную бюрократию, — как это сделал ИФС во время землетрясения в Типасе в октябре 1989 года.
Апогеем волны насилия, обрушившейся на Египет, стало убийство в Луксоре 60 человек, в основном туристов, 17 ноября 1997 года, вскоре после резни в Раисе, Бени-Месусе и Бентальхе в Алжире. В обоих случаях эти убийства были последними, за которые взяло на себя ответственность структурированное вооруженное исламистское движение. Радикальные группировки — «Гамаа исламийя» в Египте и ВИГ в Алжире — рухнули, раздавленные репрессиями и ненавидимые населением. «Исторические» лидеры «Гамаа» призвали в июле ко «всеобщему прекращению огня»; в Алжире в конце сентября ИАС объявила об «одностороннем перемирии». Почти одновременно вооруженный джихад потерпел поражение в обеих арабских странах, где насилие достигло своего пика. Это поражение открыло путь к перестройке и кооптации правившими режимами исламистского движения, лишившегося поддержки в народе и вернувшегося к ориентации на средние классы.