Несмотря на сходство между египетскими и алжирскими событиями, частично связанное с общностью направленности, которую хотели придать им активисты, прошедшие Афганистан, эти события разворачивались в совершенно разном политическом контексте. Алжир был молодым государством, обретшим независимость в 1962 году и несшим отпечаток насилия времен войны. Это государство не имело опоры в обществе с тех пор, как в 80-х годах единственная правящая партия ФНО начала терять народное доверие. Религиозные инстанции находились в зачаточном состоянии, и государству пришлось даже пригласить улемов из Египта, когда в 1985 году оно учредило исламский университет в Константине, чтобы придать себе религиозную легитимность. Этот вакуум помог ИФС мобилизовать народ на борьбу во имя ислама и победить на выборах в 1989–1991 годах, способствовал втягиванию части населения в гражданскую войну, по крайней мере, до 1994–1995 годов. В Египте же государство во главе с Хосни Мубараком было наследником очень древней политической конструкции, располагавшей эффективным административным аппаратом, при всех бюрократических издержках, порожденных его «фараонизмом». Благодаря университету Аль-Азхар он располагал религиозной инстанцией, которая сумела сохранить огромный авторитет, несмотря на вмешательство со стороны властей вкупе с критикой со стороны наиболее радикальных исламистов и проникновением «Братьев-мусульман» в среду улемов и преподавателей. К тому же в противоположность Алжиру, где до 1989 года воинствующий исламистский протест ограничивался партизанским движением Мустафы Буяли, Египет, президент которого был убит в октябре 1981 года группой «Аль-Джихад», имел длительный опыт борьбы с исламистским движением, начавшейся после создания в 1928 году на берегах Суэцкого канала организации «Братья-мусульмане». Этот опыт включал в себя казнь Сайида Кутба, повешенного при Насере в 1966 году, и двусмысленные отношения с «Гамаа исламийя», в которые вступил в 70-е годы Садат. Сползание части исламистского движения к насилию в 1992–1995 годах, несмотря на свой открытый характер, не вылилось в полномасштабную гражданскую войну, хотя некоторые районы страны на время вышли из-под контроля полиции и армии. В 1995 году иностранец мог спокойно проживать в Каире, что было тогда невозможно в столице Алжира.
В военном отношении масштабы конфликта, если судить о них по количеству жертв (порядка тысячи человек в Египте и сотни тысяч человек в Алжире), были несоизмеримы. В политическом плане египетское исламистское движение, которое в 1992 году пополняло свои ряды как за счет неимущей городской молодежи, так и представителей средних классов и религиозной буржуазии, оказалось, как и в Алжире, глубоко расколото после пяти лет ожесточенного конфликта с властью, ход которого этому движению так и не удалось повернуть в свою пользу.