С началом интифады в конце 1987 года дело Палестины вновь обрело утраченную в начале десятилетия ауру. Движение, в переводе с арабского означающее «подъем», завоевывало популярность как «восстание камней», восстание безоружной палестинской молодежи против израильской оккупационной армии. Это восстание нанесло такой урон еврейскому государству, его международному и моральному имиджу, что Израиль будет вынужден начать процесс признания ООП. Процесс обретет конкретные формы с окончанием войны в Заливе в 1990–1991 годах. Он приведет в сентябре 1993 года к заключению израильско-палестинской «Декларации о принципах» и созданию в Газе автономной палестинской администрации, во главе которой в июле 1994 года встанет Ясир Арафат.
Однако, вновь обретая с началом интифады свой престиж, дело Палестины частично изменило свой имидж. Прежде оно воплощало одновременно арабский национализм и идеалы, которые на международной арене разделялись тьер-мондистским и социалистическим движением. Оно оставалось за пределами формировавшегося исламского пространства. В этом плане джихад в Афганистане подменил дело Палестины в качестве идентификационного полюса. Для определенной части арабской молодежи именно Афганистан стал полем битвы, хотя Абдаллах Аззам в своих публикациях не уставал напоминать, что сражаться в Палестине, как и в Афганистане, — индивидуальная обязанность каждого мусульманина, чья земля «захвачена врагом». В сознании молодого поколения на смену ливанским палестинским лагерям 70-х годов пришли лагеря «джихадистов» в Пешаваре. Возникло осознание острой необходимости финансовой поддержки со стороны нефтедобывающих арабских государств. Как заявил один из руководителей ООП, организация была бы счастлива получать «хотя бы 10 % помощи, идущей моджахедам в Афганистане». Начало интифады изменило это видение: в полный голос заявило о себе исламистское движение на оккупированных территориях, в частности в секторе Газа. ООП утратила монополию на символическое представительство палестинцев, и ей пришлось упорно сражаться за сохранение своей гегемонии.
Выше мы уже отмечали, каким образом иранской революции удалось создать и вдохновить на активные действия пусть и малочисленную, но очень дееспособную организацию — «Исламский джихад», которая на практике соединила исламистскую идеологию и борьбу против израильской оккупации, в отличие от боеспособной, но нерелигиозной по духу ООП, и исламской по своей природе, но политически бездеятельной ассоциации «Братья-мусульмане». «Исламский джихад» заявил о себе проведением ряда громких эффектных акций, в частности покушениями и убийствами военнослужащих израильской армии. Однако ему не удалось ни заручиться поддержкой населения, ни породить массовое движение солидарносрти в свою поддержку. Своим возникновением исламистское движение было в основном обязано «Братьям-мусульманам», которые отказались от традиционного квиетизма и с созданием движения «Хамас», появившейся через несколько дней после начала восстания, перешли к джихаду против оккупантов.