Стараясь еще более поднять дух народа, Савонарола учил теперь людей не дорожить жизнью. “Мы живем, братья, – говорил он, – чтобы научиться уменью хорошо умирать”. Он сам ежеминутно ожидал смерти, так как его подстерегали враги, но, тем не менее, не складывал оружия. Заканчивая свои проповеди в этом году, он говорил горячо о борьбе партий, которые больше занимаются вопросом о нем, бедном монахе, чем о благе родины, и призывал всех думать и заботиться только о последнем, так как враги республики не дремлют. Действительно, враги республики не дремали, и папа нашел средство посеять раздоры и неурядицы среди монахов: он новым указом уничтожил самостоятельность монастыря Сан-Марко, соединив все доминиканские монастыри Тосканы в одну конгрегацию, причем генеральный викарий, проживавший в Риме, по статуту доминиканцев должен был меняться каждые два года; новое постановление понижало значение монастыря Сан-Марко и давало простор интригам враждовавших между собою доминиканских монастырей. Подрывали созданное Савонаролою здание не одни враги: вредили ему и друзья. Народный вождь, Катон Флоренции, пылкий и благородный Франческо Валори, в 1497 году сделался гонфалоньером (знаменосцем) юстиции и с преданной ему сеньорией, вопреки советам Савонаролы, несколько изменил закон о вступлении в члены “большого совета”: в члены этого совета могли вступать теперь люди не с тридцатилетнего возраста, а с двадцати четырех лет. Причиной этого изменения было желание Валори привлечь в совет возможно больше граждан. Но Савонарола был дальновиднее Валори: он знал, как развращена флорентийская “золотая” молодежь, как негодует она на прекращение пиров и карнавальных безобразий, как бесчинствует она, ходя с оружием в руках по улицам и слывя среди народа под именем “дурных приятелей”. Эти “кампаньяцци” ненавидели Савонаролу. Наряду с этою реформою большое влияние, если не на ход внутреннего управления, то на взаимные отношения граждан, имела предполагавшаяся реформа денежных повинностей, которую хотела провести сеньория и которая до крайности обострила борьбу партий. Вопрос шел о “decima scalata” – “прогрессивном налоге”, против которого восстали все богачи и за который ухватились все бедняки. Страстные споры об этом законе вызывали враждебные отношения партий и оставили известную горечь в сердцах, хотя сам закон и был отвергнут. Савонарола в это время удалился в свою келью, работал над своим “Триумфом Креста” и готовил к изданию свои мелкие сочинения, которые могли приобрести ему новых поклонников и сторонников в его борьбе с Римом. Духовными делами правил за него Доменик, его другой страстный приверженец, не всегда поступавший обдуманно.