Рокфеллер все еще входил в две конгрегации. Летом он аккуратно посещал церковь на Эвклид-авеню, но, поскольку проводил большую часть времени на востоке, преобладающее внимание приходилось уделять церкви на 5-й авеню. Церковь в Кливленде прошла сквозь серьезные финансовые злоключения. Под руководством его преподобия Л.А. Грандейла, который служил в ней в 1889–1892 годах, здание церкви было перестроено, между тем расходы преобладали над ресурсами. Когда его преподобие Генри А. Эпплгарт приступил к выполнению своих обязанностей в 1893 году, церковь, как пишет ее историк, «находилась в упадке». Эпплгарт, способный проповедник, подведший под церковь солидный финансовый фундамент, стал желанным гостем в Форест-Хилл. Но он никогда не был так близок к Рокфеллеру, как его преемник, его преподобие Чарльз А. Итон, даровитый уроженец Новой Шотландии, который был пастором церкви на Эвклид-авеню в 1900–1909 годах, а позже служил в церкви на Мэдисон-авеню в Нью-Йорке. В конце концов Итон стал одним из ведущих интернационалистов в конгрессе.
К церкви на 5-й авеню Рокфеллер относился более формально и отстраненно, чем к конгрегации Кливленда. Тем не менее церковь играла важную роль в его жизни. Он, Уильям Рокфеллер и Боствик были ее попечителями. Госпожа Рокфеллер преподавала в воскресной школе в классе мальчиков, где учились Чарльз Э. Хью-младший и Альберт Сполдинг, и вела эти занятия многие годы. С каждым классом она занималась до поступления мальчиков в колледж. Потом брала новый класс. Многие из учеников, воспринимавших ее как приемную мать, проводили много времени в доме Рокфеллеров. Каждую весну ее класс выезжал за город в Палисады, переправляясь на пароме «Форт Ли» шумной компанией, в то время как она следовала за ними в ландо, а поставщик провизии вез повозку с едой. Продолжала она активно участвовать в жизни церкви и детского сада «Альта». Помимо этого она руководила школой кройки и шитья для девочек.
Дом на Западной 54-й стрит стал деловым центром для всякого рода деятельности баптистов. Он использовался для встреч миссионеров, филантропов, трезвенников и проповедников. Здесь встречались представители молодежных организаций, а также совет попечителей. Священники церкви на 5-й авеню почти вошли в семейный круг Рокфеллеров. Когда Рокфеллер поселился в Нью-Йорке, пастором церкви был Томас Армитидж, еще один англичанин, который прослужил более сорока лет и завоевал любовь детей Рокфеллера. Священники часто приглашались в дом Рокфеллера к воскресному ужину. После проповеди Рокфеллер говорил: «Вы насытили нас духовно, теперь мы насытим вас!» Здесь часто принимались знаменитые баптисты со всей страны – Джекоб Гулд Шармэн, ректор колледжа в Вассаре Тейлор, доктор Харпер из Чикаго и другие. Миссионеры приходили и уходили, некоторые из них становились знаменитыми деятелями: например, Эдвард Джадсон, сын великого Адонирэма Джадсона, или Джон Э. Клау, знаменитый миссионер из Индии. Активная борьба госпожи Рокфеллер за трезвость стала причиной частых посещений их дома Фрэнсисом Э. Виллардом и Фрэнсисом Э. Барнесом. Атмосферу дома определяли религия и благие дела!
Когда Армитидж отошел от пасторского служения, Рокфеллер и его брат Уильям способствовали учреждению комиссии, призванной выбрать преемника. Узнав о блестящем молодом священнике Уильяме Герберте Пери Фонсе, который проживал в Спрингфилде, Массачусетс, они вместе с женами поехали одним воскресеньем послушать его. Они хотели приехать и уехать инкогнито. У церковной двери привратник спросил: «Вы не местные, не так ли? Не назовете ли свои имена?» Когда началась служба, госпожа Рокфеллер на шушуканье с соседней скамьи быстро подалась вперед, прижала палец к губам и сказала: «Ш-ш-ш! Вы мешаете священнику!» Немного позже Рокфеллер чуть не выдал себя. Когда обносили поднос для сбора пожертвований, он вынул из кармана десятидолларовую банкноту. Поместив ее на поднос, он засомневался. Сумма могла привлечь внимание. В результате после службы к нему подошел служитель церкви и спросил: «Вы хотите взять сдачу с десяти долларов, сэр?»