Из всех перечисленных ученых Флекснеру выпала наиболее важная работа по реализации фундаментальной идеи Гейтса и по организации медицинских исследований. Флекснер родился в Луисвилле в самый разгар Гражданской войны. Он получил ученую степень медика в университете Луисвилля и работал после выпуска в университете Джонса Хопкинса под руководством Уэлча, которого боготворил. Флекснер совершенствовал знания в Страсбурге, Берлине и Праге, работал в Институте Пастера. Затем, после преподавания некоторое время в университете Джонса Хопкинса, поступил на работу в университет Пенсильвании, где руководил клинической лабораторией Айера при Пенсильванском госпитале. Сообразительный, трудолюбивый, страстно влюбленный в науку, он был прирожденным исследователем.
Так, в течение нескольких месяцев семь выдающих деятелей американской медицины объединились в группу, заинтересованную в использовании пожертвований Рокфеллера для осуществления наилучших целей изысканий. Большинство из этих деятелей были молодыми людьми – в возрасте от 30 до 40 лет. Все были энергичны. Гейтсу, который, очевидно, верил в создание в ближайшее время чего-то подобного институтам Парижа и Берлина, они показались сначала чересчур робкими. Он не мог примириться с мыслью, что было бы лучше, по крайней мере, на время воспользоваться уже имеющимися работниками и лабораториями. Но именно эта идея была принята. В течение мая в группе пришли к согласию, что Уэлч, как редактор Journal of Experimental Medicine, имевший представление о прогрессе медицинских изысканий в ведущих институтах страны, должен выяснить, какие проблемы исследуются, и определить потребности в ученых-исследователях.
К концу 1901 года от штата Нью-Йорк были получены регистрационные документы, перечислявшие семь членов совета директоров учреждения с Уэлчем в качестве председателя, Прадденом в качестве вице-председателя, Холтом в качестве секретаря и Гертером в качестве казначея. Старший Рокфеллер выполнил обещание о предоставлении ежегодно 20 000 долларов, фонда, из которого директора могли черпать необходимые средства в любое время в течение 10 лет. Хотя он не обещал больше ни цента, все сведущие люди понимали, что, если предприятие окажется стоящим, кошелек магната откроется вновь. Рокфеллер обычно стремился к тому, чтобы предприятие начиналось неприметно и медленно, позволяя эксперименту как следует проявиться. Характерно было также то, что Рокфеллер не захотел присвоения Институту медицинских исследований своего имени. Директора работали в полном согласии, настаивая на строгом регламентировании работы. «Не будет преувеличением сказать, – пишет доктор Абрахам Флекснер, брат Саймона Флекснера, – что в то время, когда эти люди собрались вместе с целью управления институтом, они стали группой, определившей курс действий, который привел в течение нескольких лет американскую медицину к модернизации».
После запросов, которые Уэлч разослал директорам лабораторий в ведущих медицинских школах, институт предоставил гранты от 300 до 1200 долларов на общую сумму, примерно 12 000 долларов в 1901 году и 14 450 долларов в 1902 году. Более двух десятков работников лабораторий, получивших эти гранты, постепенно сообщили о том, над чем работают. Одного человека послали в Институт Коха в Берлине, двоих – в Институт Эрлиха во Франкфурте. Разумеется, все открытия должны были стать государственной собственностью.
Директора часто встречались с Гейтсом, молодым Рокфеллером и Мерфи, чтобы обозреть проделанную работу и обсудить финансовые мероприятия. Один Гейтс чувствовал неудовлетворенность в связи с осторожным осуществлением исследовательской программы. Новый институт не имел прецедента. В то время как его европейские предшественники – институты Пастера, Коха и Листера – ограничивались изысканиями в области патологии и бактериологии, американские организаторы науки делали упор на свободу исследования любой биологической проблемы, связанной с медициной. На ранней стадии работу неизбежно сопровождали многие сомнения. Наблюдатели по-прежнему высказывались неопределенно по поводу того, сложится ли в Американском центре жизнеспособная исследовательская группа.