Однако фаза осторожного изучения вскоре завершилась. Директора быстро сообразили, что разрозненных скромных субсидий для работников лабораторий было недостаточно. Они решили создать штат сотрудников во главе с опытным руководителем и, не сомневаясь в готовности Рокфеллера поддерживать исследовательский центр, вышли к нему с предложением. В июне 1902 года Рокфеллер обязался выделить единовременно миллион долларов на постройку, оборудование и работу исследовательской лаборатории в Нью-Йорке. Опять же он не давал никакой гарантии на дальнейшую помощь, но все знали, что в случае необходимости она будет оказана. После тщательного обсуждения директора выбрали Саймона Флекснера главой лаборатории. Никакой другой отдельный шаг не способствовал бы большему успеху института. Флекснер не хотел принимать предложения, поскольку был занят работой в Пенсильванском университете и не был уверен в том, что американская наука обрела достаточную силу и уровень, чтобы поддержать амбициозный Институт медицинских исследований. Однако совет, в деятельности которого немалую роль играл энтузиазм Уэлча, склонил Флекснера на свою сторону.
15 октября 1904 года небольшой штат сотрудников лаборатории начал работу в арендованном и скромно оборудованном здании на Восточной 5-й стрит. В группу сотрудников, помимо Флекснера, входили доктора Хидейо Ногути, Эжен Л. Опи и патолог Дж. Э. Свит. Кроме того, она включала физиолога и фармаколога доктора С.Дж. Мельтцера, а также биохимика доктора П.А. Левина. Хотя были приняты меры, чтобы избежать параллелизма и дублирования в работе, выбор сотрудников отнюдь не был продиктован каким-либо заранее продуманным планом исследований. Выбор производился с верой в то, что инициатива и способности обеспечат плодотворную деятельность этих людей. Каждый сотрудник располагал полной свободой осуществления изысканий в конкретной области медицины под общим руководством Флекснера.
В начале 1903 года Рокфеллер купил место для здания лаборатории на краю скалистого плато, выходящего на Ист-Ривер, на 66-й стрит. Здесь 11 мая 1906 года открылось тщательно спроектированное четырехэтажное здание из кирпича и камня. Оно предоставило отличные возможности для уже начавшейся работы в области патологии, физиологии, фармакологии и биохимии, к которым позже добавились экспериментальная хирургия и биология. С расширением лабораторий и ростом численности сотрудников требовались дополнительные средства, Рокфеллер же всегда предвосхищал подобные нужды. «Мы никогда не просили чего-либо у представителей господина Рокфеллера, – вспоминал Флекснер. – Они всегда приходили к нам сами и говорили: «Представим, что у вас было бы больше денег, что бы вы с ними делали?»
Убедившись, что институт успешно работает, Рокфеллер в 1907 году предоставил ему более двух с половиной миллионов долларов в качестве постоянного фонда. Стремительно разрастаясь, учреждение теперь нуждалось в более сложной административной организации. Согласно поправке регистрационного сертификата 1908 года первоначальные директора стали называться «научными директорами». Они ограничились выполнением функций ученых, в то время как бизнес и общая политика передавались совету попечителей, состоявшему из Гейтса, Джона Д. Рокфеллера-младшего и Старра Дж. Мерфи, представлявшего финансовые интересы института. Уэлч же и Флекснер руководили научной работой. С окончанием реорганизации в 1910 году был образован еще один орган, названный «корпорацией», который состоял из совета попечителей и научных директоров. В последующие годы эти две группы сотрудников, научная и финансовая, работали вместе в полной гармонии. Штат исследователей, полностью контролируя собственные расходы, сумел удерживаться в границах бюджета. Рокфеллер неуклонно следовал своей политике невмешательства. Фактически он настолько озаботился уважением свободы ученых, что посетил институт лишь однажды, когда ему с сыном случилось находиться по соседству. Доктор Флекснер писал: «Ожидалось, что институт… будет изучать, размышлять.
Наш основатель и его советники говорили нам снова и снова следующее: «Не торопитесь произвести что-либо. Не беспокойтесь о том, чтобы принести пользу. Мы верим, что вы принесете пользу, а если нет, то это сделает следующее поколение сотрудников… Дело может занять труд поколений. Затем кто-нибудь вдруг выдаст практический результат».
Начиная с 1908 года ряд пожертвований Рокфеллера позволил построить больницу на 60 коек и изолятор на 9 коек, которые открылись в 1909 году под руководством доктора Руфуса Коула. Больница с хорошими лабораториями была укомплектована точно так же, как лаборатории – врачами с хорошим жалованьем, которые полностью отдавались работе, не отвлекаясь на практику на стороне и не принимая никакого побочного вознаграждения. Принимались только те пациенты, чьи болезни изучались сотрудниками института. Их лечили совершенно бесплатно.