Рокфеллер проявлял живейший интерес ко всему, что делал его сын после Первой мировой войны. Но этот интерес не сопровождался действенной помощью, за исключением тех особых случаев, когда она требовалась. Он проявил активность лишь тогда, когда сын отстаивал либеральные принципы Баптистской церкви в борьбе с фундаменталистами. Разумеется, доктор Велфкин, а также Раймонд Б. и Гарри Эмерсон Фосдики придерживались весьма либеральных взглядов. Их тревога в 1920–1921 годах росла, пока фундаменталисты, которые, как писал Раймонд Б. Фосдик, «мыслят в понятиях Средневековья», не попытались захватить контроль над церковью. Когда Северный баптистский конвент проголосовал в 1921 году за принятие дара на сумму в полтора миллионов долларов при условии, что она будет потрачена только на священников и миссионеров, исповедующих фундаментализм, молодой Рокфеллер энергично протестовал против этого. Он считал достойным сожаления, что церковь охотно принимает дар, способствующий ограничению свободы вероисповедания в своих рядах. Старший Рокфеллер согласился с ним. Он немедленно принял меры с гарантией того, что фундаменталисты не получат ни одного пожертвования Рокфеллера в случае установления своей гегемонии. Эта позиция способствовала утверждению либеральной традиции в Баптистской церкви. В это же время Рокфеллер способствовал занятию сыном ведущих позиций в Международном движении экуменизма и следил с напряженным интересом за выступлениями сына во время кампании 1920 года по сбору 330 000 000 долларов для всех протестантских вероисповеданий.
Престарелый магнат поддержал также сына во время горячей кампании 1928–1929 годов по исключению полковника Роберта У. Стюарта из борьбы за пост председателя совета директоров «Стандард оф Индиана». Кампания была следствием шокирующих нефтяных скандалов во время правления администрации президента Гардинга, которые вовлекли в свою орбиту Альберта Б. Фолла, Э.Л. Догени и Гарри Синклера. Оказалось, что расписки на сумму в 300 000 долларов, которую Синклер дал в качестве взятки министру внутренних дел Фоллу, получены от мистической канадской компании, которая называлась «Континентал трейдинг корпорейшн». Синклер и Стюарт, связанные с компанией, отказались от объяснения происхождения суммы. Синклера отправили в тюрьму за неуважение к закону. Сенатор Най отправил запись с показаниями Стюарта молодому Рокфеллеру перед тем, как представить ее Комиссии по расследованию сената. При энергичной поддержке прессы он призвал его принять меры. 9 мая 1928 года после собственного расследования Рокфеллер-младший опубликовал письмо с требованием отставки полковника Стюарта. Однако Стюарт подготовился к борьбе. В следующем январе он официально объявил себя кандидатом, в то время как председатель Шуберт и разные директора компании оказывали ему поддержку. Началась борьба за доверенных лиц в компании.
Чтобы поддержать сына, Рокфеллер 30 января 1929 года открыто выступил против Стюарта и призвал полковника уйти в отставку. Несмотря на небольшие интересы семьи в этой компании, молодой Рокфеллер с помощью своего советника Томаса М. Дебевуаза, банкира Уинтропа У. Олдрича и других добился поддержки двух третей доверенных лиц. В процессе этого престиж старшего Рокфеллера сыграл большую роль. Например, Чарльз М. Хиггинс, один из самых крупных акционеров, был долгое время близким другом Стюарта. Однако из лояльности к Рокфеллеру-старшему он без колебаний передал свой крупный пакет акций в распоряжение Рокфеллера-младшего. 7 мая 1929 года Стюарт был с позором изгнан – примечательная победа здоровой этики в бизнесе.