Летом 1892 года Зюссу удалось осуществить свое давнее желание вновь осмотреть Альпы в кантонах Гларус, Санкт Галлен и Аппенцелль, относительно строения которых существовало крупное разногласие между геологами. Когда он впервые был там, в 1854 году, это разногласие уже возникло между геологами Штудером и Эшер фон дер Линт. Последний сопровождал Зюсса и обратил его внимание на то, что на дне долин и на склонах гор залегают более молодые, легко разрушаемые песчаники и сланцы так называемого флиша, а на них лежат более древние породы — строение ненормальное. Штудер выяснил эти взаимоотношения, но не мог об'яснить их. Более смелый Эшер предполагал, что мы имеем здесь крылья большой складки, надвинутые поверх флиша — одна с юга, другая с севера. Гейм подтвердил это об'яснение точными наблюдениями и доказал, что одна складка была опрокинута на юг, а другая на север, то есть, что они опрокидывались навстречу друг другу. Так возникла знаменитая Гларнерская двойная складка, или петля.
Когда Зюсс в 1875 году высказал в своей книжке о строении Альп мнение, что вся масса Альп была передвинута на много миль к северу, многие отвергли такое «чудовищное» предположение, и движение северного крыла Гларнерской складки на юг считали противодоказательным.
Ко времени выхода первого тома «Лика Земли», в 1883 году, этот вопрос оставался еще нерешенным. Зюсс при поездке в Цюрих высказал на собрании швейцарских геологов свои сомнения в правильности толкования Гларнерской складки, но у него не было времени для посещения и проверки на месте.
В 1884 году Марсель Бертран, после изучения надвигов в бельгийских каменноугольных пластах, предложил новое об'яснение, более смелое, чем гипотеза Эшера. Бертран предполагал, что как северное, так и южное крыло этой складки составляли прежде одно целое, которое было передвинуто целиком по флишу больше, чем на сорок километров. Разделение обоих крыльев и обнажение флиша обусловлено позднейшим размывом.
Хотя это об'яснение всего лучше соответствовало фактам, но оно казалось фантастическим и не могло рассчитывать на немедленный успех. Между тем, на точных разрезах, составленных Геймом, можно было убедиться, что на некоторых высоких вершинах, в промежутке между обоими крыльями, еще сохранились остатки пластов, доказывавших их прежнюю связь.
В 1892 году Зюсс совместно с другими геологами, изучил эту местность, обнаружил в разных местах поверхность надвига под пластом известняка, как-будто срезающим слои флиша. Эта поверхность уходит наконец в долину под обрывом северного крыла. Предположение Бертрана подтвердилось, и приходилось думать, что обширная часть горной системы была передвинута далеко на север. В Цюрихе Зюсс сообщил Гейму свои наблюдения, и последний решил проверить их.
В 1893 году Зюсс занялся разрешением другого вопроса. В первом томе «Лика Земли» он об'яснил внедрение гранитных массивов в горные складки, согласно старым взглядам, тем, что расплавленный гранит проникал по трещине или заполнял готовую уже пустоту. Французский геолог Мишель Леви и другие указывали ему, что наличие такой пустоты не является необходимостью, так как гранит сам может расплавлять и поглощать окружающие породы и таким образом создавать себе место. Это можно было проверить только наблюдениями в природе, и Зюсс, совместно с несколькими молодыми геологами, отправился в Рудные горы Саксонии, где часто выступают гранитные массивы. Он убедился, что эти массивы, которые он назвал батолитами, могут внедряться, расплавляя горные породы наподобие раскаленного цилиндра, пронизывающего деревянную доску.
В августе 1894 года Зюсс снова был в Цюрихе на большом собрании геологов, на котором присутствовал и Марсель Бертран. Широкий кругозор последнего очаровал Зюсса. Воззрения на геологию Альп уже прояснились. Гейм согласился с новым об'яснением Гларнерской складки, но это было только началом дальнейших, еще более широких представлений. Геолог Шардт доказывал, что и южнее Женевского озера залегают крупные горные глыбы, совершившие еще более далекий путь с юга. Можно было говорить уже о перемещениях на 80—100 километров. Люжон из Лозанны излагал соответствующие наблюдения. Зюсс уехал из Швейцарии в убеждении, что всеобщее смещение Западных Альп на север является уже общепризнанным и что размеры его далеко превышают предположения, которые он считал себя в праве делать на основании прежних данных.
С 1894 года Зюсс почти отошел от политической работы, сильно утомлявшей его и дававшей мало удовлетворения. Продолжая до 1901 года педагогическую деятельность в университете и до 1911 года организационную работу в Академии наук, он занялся, главным образом, спокойной научной работой, чтобы успеть закончить последнюю часть своего сочинения «Лик Земли».
Нам остается привести дополнительные сведения о жизни и деятельности Зюсса на основании сообщений и отзывов его современников и материалов, представленных нам его сыном, геологом Францем Зюссом, и наконец дать общий обзор его научных трудов и их значения.