3юсс был своеобразный исследователь и столь же своеобразный учитель. Общепринятый элементарный курс геологии он почти никогда не читал, а излагал, большею частью, те вопросы, которые занимали его самого в данное время. Лекции, прочитанные им в течение целого ряда лет, хорошо отражают ход его научного развития. В первые годы своей доцентуры он читал исключительно палеонтологию, но не в виде систематического описания ископаемых животных, начиная с простейших, а в виде отдельных глав, посвященных вопросам анатомии, морфологии, условиям существования, развития и вымирания какого-нибудь класса животного царства, интересовавшего его в это время. Потом его лекции распространились на геологию, главным образом на вопросы стратиграфии, в которых изложение последовательности образования различных слоев, сменявших друг друга в какой-либо области, сочеталось с характеристикой организмов, населявших эту область и так же сменявших друг друга или проходивших цикл постепенного изменения под влиянием меняющихся условий жизни. В позднейшие годы лекции были посвящены почти исключительно тектонике, над вопросами которой работал Зюсс, создавая «Лик Земли». Конечно, начинающих слушателей эти лекции не вполне удовлетворяли, но зато на более подготовленных они оказывали громадное влияние.
Зюсс создал обозначение «ювенильная вода» для той воды, которая выделяется в глубинах земли при остывании расплавленных масс, насыщенных парами, и в качестве вновь образовавшегося химического соединения поднимается по трещинам в виде горячих источников, минеральных терм, на земную поверхность. Применяя это сравнение к Зюссу, можно сказать: то, что он давал в своих лекциях, было всегда «ювенильным» продуктом его ума, овеянным атмосферой свежести. В этом заключалось очарование его лекций, которое влияло даже на противников и недоброжелателей Зюсса.
В дополнение к лекциям Зюсс имел обыкновение проводить со слушателями экскурсии, большей частью во время весенних каникул. Впечатления от этих экскурсий запоминались участниками на всю жизнь. Экскурсии сначала ограничивались бассейном Вены или ближайшими частями Нижней Австрии, но, постепенно распространяясь все дальше, достигли, через Альпы, Италии и даже Сицилии. В этих экскурсиях, кроме слушателей, участвовали научные сотрудники и посторонние — любители геологии. Экскурсанты чувствовали себя непринужденно и в свободные часы, на переходах и ночлегах, развлекались пением и шутками. Зюсс не отставал от молодых и сам молодел в их обществе. Но перед каким-нибудь интересным утесом или на вершине, с которой открывался широкий кругозор, рожок Зюсса собирал рассеявшихся спутников, и воцарялась благоговейная тишина. Зюсс в образных выражениях излагал кратко все существенное и интересное о данном месте.
Французский геолог Термье так характеризует Зюсса как профессора: «Он обладал в высокой степени теми качествами, которые делают профессора достойным этого звания, и даже теми, которые создают большого оратора: благородством фигуры, красотой и строгостью лица, мягкостью и горячностью голоса, свободой речи и обилием образов, способностью оживлять все, о чем он говорил, и давать жизнь идеям и предметам посредством красоты форм и энтузиазма речи. Он умел убедить, научить, овладеть полностью своей аудиторией. С первых же лет своей профессорской деятельности Зюсс стал знаменитым. Слушатели теснились в амфитеатре, следовали за ним толпами в его экскурсиях. Его книга о почве Вены, вышедшая в 1862 году, давала новое направление изучению геологии, и это новое заключалось в том, что Зюсс связывал геологию с географией, человека — с социально-экономическими условиями его жизни. Из тесной научной среды эта книга скоро проникла в широкие культурные слои».
Русскому геологу Богдановичу удалось в 1892 году присутствовать на лекции Зюсса в университете. Он пишет о ней следующее:
«Я до сих пор не могу забыть величественной фигуры старого профессора, с особым изяществом нарисовавшего цветными мелками разрез доломитов Тироля и плавно, спокойно, чрезвычайно сжато давшего в течение сорока минут очерк этого разреза триаса и обрисовавшего условия современного образования коралловых рифов».
Все лекции по палеонтологии, стратиграфии и тектонике Зюсс пояснял рисунками, сделанными цветными мелками на большой черной доске, висевшей на стене возле кафедры. Эти рисунки, часто весьма сложные, он выполнял очень быстро, словно шутя, не прерывая лекции.
В 1901 году, когда Зюссу исполнилось семьдесят лет, он должен был, согласно существовавшему тогда закону, оставить преподавание. Его последняя лекция превратилась в трогательное торжество, которое профессор Фукс, старый ученик Зюсса, описал так: