Вскоре Зюсса вызвали к министру. «Вы написали мне письмо? Я не могу назначить вас приват-доцентом, но хочу назначить экстраординарным профессором без жалованья», — сообщил ему Тун.
Таким образом, Зюсс получил гораздо больше того, на что надеялся. Не имея еще двадцати шести лет, он получил кафедру в университете, и перед ним открывалась деятельность, к которой он больше всего стремился.
Значительная часть коллегии профессоров сочла назначение Зюсса нарушением своих прав, так как оно не было основано на решении коллегии. Но вскоре укрепилось убеждение, что дело касается отрасли знания, еще не представленной в университете, и симпатии большинства склонились на сторону Зюсса. Только несколько наиболее старых профессоров упорно отказывались признать молодого профессора.
Отец Зюсса теперь успокоился относительно будущности сына и избавил его от работы, связанной с фабрикой.
В XVII веке высшие школы были в пренебрежении, а гимназиями ведала церковь. Иезуитским гимназиям XVIII и первой половины XIX века было чуждо стремление заинтересовать юношество наукой и воспитать в нем любовь к знаниям. Еще в 1824 году в двух старших «философских» классах преподавание естественной истории и истории Австрии было необязательно. После подавления революции 1848 года и отмены конституции реакционное правительство искало путей для укрепления целости монархии и, конечно, рассчитывало на могучее содействие католической церкви. Католическое духовенство, организованное в единую иерархию под управлением и главенством римского папы, имело огромное влияние на всю политическую жизнь европейских государств.
Принимая министерство в 1849 году, граф Тун нашел готовый проект реорганизации гимназий, выработанный Боницем и Экснером еще во время революции. Согласно ему, гимназии переходили из-под власти церкви в ведение министерства. Только преподавание религии оставалось в руках духовенства.
Проект организации гимназий, написанный в 1848 году, встретил сильное противодействие со стороны реакционных кругов, и они настояли на том, чтобы преобразование было введено провизорно — в виде опыта, на четыре года. Перед окончанием этого срока правительство запросило генерала ордена иезуитов, может ли орден принять в свое ведение австрийские гимназии, согласно новому положению. Орден потребовал непосредственного руководства гимназиями без подчинения областным учебным советам, освобождения от государственного экзамена учителей, выбора учебников по указанию ордена и введения учебного плана, утвержденного орденом. Согласно последнему, главное внимание было обращено на изучение латыни как языка католической церкви. Естественная история, геометрия и алгебра должны были быть из'яты из программы преподавания в младших классах.
Австрийское правительство согласилось заключить конкордат (договор) с папой. Конкордат был проведен графом Туном при деятельном участии кардинала Раушера, непосредственно ведшего переговоры с представителями папы, и был подписан в 1855 году.
Согласно статьи V конкордата, епископам предоставлялся верховный надзор над всем преподаванием в средней школе, «чтобы в учение не проникло ничего противного католической религии». Согласно статьи VII, во всех гимназиях и средних школах профессорами и учителями могли быть только католики.
Граф Тун провел также и реорганизацию университетов. Тщательно отобрав профессоров-католиков, он создал коллегии профессоров и предоставил им право на замещение кафедр, хотя утверждение кандидатур оставил за министерством. Учредил он также и приват-доцентуру. При назначении на математические и технические кафедры в редких случаях допускались профессора лютеранского вероисповедания, тогда как по кафедрам истории, философии и церковного права при выборе профессоров ощущалось несомненное стремление назначать исключительно католиков.
Кафедра геологии также усиленно опекалась министерством. В 1856 году была перепечатана статья кардинала Раушера, написанная в 40-х годах, в которой сотворение Земли было изложено по библии и отвергались все теории и выводы современной геологии.
Париж и Лондон. Наблюдения и встречи
Во время поездки в 1856 году в Швейцарию на с'езд естествоиспытателей Зюсс, совместно с несколькими швейцарскими и австрийскими геологами, задумал учреждение международного общества для изучения Альп на всем протяжении от Лиона и Генуи до Вены. Когда немецкие естествоиспытатели собрались на с'езд в Вену, был поднят вопрос об изучении Альп. Зюсс выработал устав общества и план его деятельности. Но международный характер общества возбудил подозрения властей, и попытка учредить общество не удалась.