В беседах с учеными Германии, Бельгии и Франции Зюсс мог подметить возникавшее уже тогда стремление вывести геологию из хаоса господствовавших стратиграфических этюдов отдельных местностей на путь истолкования истории всей Земли. Он снова вспоминал разнообразие строения своей родины, в особенности резкое различие между южной полосой горных пород, слагавших Карпаты и Альпы, и северной — в Богемском массиве, Судетах и равнине Галиции. Такой контраст в то время едва ли был известен в другой части Земли. Особенно занимала Зюсса причина различия в строении западных Карпат и их подножия от строения каменноугольного бассейна Острау и холмов Кракова. Он решил посвятить лето 1858 года их изучению.
Во время этих исследований Зюсс находил приют для ночлегов то в замках помещиков, то на постоялых дворах деревень. Он имел возможность сравнивать сытую и праздную жизнь в богатых дворцах, окруженных обширными красивыми парками с цветниками, оранжереями и фонтанами, с жалким существованием польского и еврейского населения в селах и городах, где много нищих и кабаков. Имел возможность наблюдать крестьян с их первобытными телегами, колеса которых представляли сплошной деревянный круг. Крестьянство вело еще натуральное хозяйство, производя обмен картофеля и лука на гвозди или горшки. При в'езде в один городок его поразило об'явление, запрещающее ввоз спиртных напитков в ущерб арендаторам кабаков.
В Карпатских горах Зюсс встретил в лице пастухов здоровое и крепкое население, гостеприимное и наивное. Сравнивая их с жителями городов, он замечает, что жизнь в горах и здесь оказывала такое же влияние на славян, как в Тироле на германцев, но не добавляет, что кроме горного воздуха громадную роль играли и особые экономические условия, отличные от таковых в селах и городах на равнине.
Летом 1860 и 1861 годов Зюсс изучал берега прежнего Средиземного моря вдоль подножия Богемско-Моравских гор, между Рецом и Дунаем. В имении графа Пюклера его поразили формы одиночных лип и дубов, растущих на окраине парка и тщательно оберегаемых графом, называвшим их солитерами. Зюсс замечает, что только в таких условиях свободного роста липа получает свои правильные готические очертания, а дуб — неправильные, распространяя свои угловатые ветви во все стороны. В лесу дерево, стесненное в развитии своими соседями, получает ограниченное пространство и освещение.
В окрестностях Эггенбурга Зюсс имел возможность видеть, что по склонам древнего Богемского массива длинным поясом на одной и той же высоте тянутся осадки прежнего Средиземного моря. Он пришел к выводу, что такая равномерность может получиться только в связи с понижением уровня моря, но не поднятием суши. Этот вывод противоречил общепринятым взглядам геологов и требовал дальнейшей проверки. В доказательство правильности этого вывода Зюсс указывает на следующий факт. Многие острова среди океана имеют растительный покров и животное население, тождественные или столь близкие растениям и животным соседнего материка, что могут считаться частями последнего. Такая фауна и флора островов не могла подняться из моря, тогда как изменение уровня последнего могло их отрезать от материка и сохранить в виде реликтов (остатков) тот же растительный и животный мир, что и на материке. Но для подтверждения своего вывода Зюсс должен был собрать еще много наблюдений над ископаемой фауной, над высотой залегания слоев и т. п. Он опубликовал свою гипотезу, возникшую в районе Эггенбурга, только пятнадцать лет спустя, в виде учения об эйстатических движениях морского уровня.
Весной 1852 года Зюсс был глубоко потрясен смертью своего отца и не мог серьезно работать. Для перемены впечатлений он поехал в Париж и Лондон с поручением изучить устройство лучших естественно-исторических музеев, так как выяснилась необходимость расширения Минералогического музея Вены, ставшего слишком тесным.
Жизнь в Париже произвела на Зюсса неблагоприятное впечатление. Милости Наполеона III больше всего выпадали на долю крупного промышленного и банковского капитала. Эта верхушка буржуазии использовала львиную долю выгод, приносимых войной. Огромные затраты правительства на блестящие придворные балы, празднества и иные увеселения разоряли трудящееся население и обогащали некоторые слои парижской буржуазии.
Роскошь, которою окружали себя придворные, вызывала еще большую их продажность. Не было почти ни одного государственного чиновника, которого нельзя было бы подкупить. Наполеон III со своими войсками защищал Рим, а в Париже воинствовала церковь. Наружное благочестие стало делом моды и сопровождалось небывалой распущенностью нравов. Крестьянство и рабочий класс должны были оплачивать непомерно разросшийся бюрократический аппарат Второй империи и расходы на многочисленные войны. Рабоче-крестьянская молодежь несла тяготы военной жизни, от которых буржуазия всегда и всюду умеет откупиться.