Согласно исламскому законодательству,
Во главе властной пирамиды находились арабы-мусульмане, которым на первых порах запрещалось владеть землей за пределами Аравийского полуострова. Идея состояла в том, что покоренное население будет трудиться на земле, нести общественные повинности, платить налоги, чтобы поддерживать арабов, которые выступали в качестве привилегированного военного сословия, освобожденного от повседневных забот и имеющего время для молитвы Аллаху и расширения исламского государства. Но постепенно арабские поселенцы просочились в Египет, идеальная система никак не строилась, и раз за разом арабам давали разрешение на владение участком земли.
Доходы от налогов и податей распределялись между мусульманами в зависимости от их статуса, военной доблести и знания Корана, причем значительная часть предназначалась халифу и отсылалась в Медину. Регистр
Первые признаки напряжения проявились довольно скоро. Амр завоевал для халифа Омара богатые и плодородные владения, высылал повелителю корабли и караваны, нагруженные зерном и золотом, но халиф все равно упрекал его: мол, он поставляет менее половины того, что получали от этой страны «неверные фараоны». Вероятно, те же настроения царили при дворе халифа и привели к убийству Омара одним из рабов, христианином-персом, но требования его преемника Османа (644–656) не отличались от настояний Омара; новый халиф сместил Амра с поста наместника Египта, назначив вместо него своего сводного брата Абдаллу.
Когда Абдалла поднял налоги, в Александрии вспыхнуло массовое недовольство, поскольку новые правила нарушали условия договора о капитуляции. Тем не менее выбора не было, пришлось платить, а Абдалла торжествующе заявил Амру: «Ну вот, теперь верблюдица дает больше молока». На что Амр ответил: «Да, но ты уморишь ее детеныша».
Однако византийский император Констанций II (правил в Египте в 641–642 гг.) услышал стоны своих бывших подданных и в 645 году направил флот из 300 боевых кораблей, чтобы отвоевать Египет. Византийцы без труда разбили маленький гарнизон Александрии, потом прошлись по Дельте. Халиф Осман вынужден был вернуть на прежнее место Амра, самого талантливого военачальника арабской армии, который отбросил византийцев к Александрии после жестокой битвы под стенами Никии, где под Амром погиб конь. И вновь Амр оказался под неприступными стенами Александрии. Опасения, что осада может затянуться, оказались необоснованными, поскольку один из стражников ворот предал византийцев и открыл проход в город для арабских войск. На этот раз солдаты ворвались в Александрию, убивая жителей, грабя дома и лавки, оставляя опустошенными целые улицы. Амр поклялся, что никогда больше не встанет под этими стенами, а потому приказал снести их до основания.
Победа оказалась молниеносной, но халиф отплатил Амру неблагодарностью, сразу же вернув на пост наместника Абдаллу. Однако он не мог отрицать полезности Амра на поле боя и решил сохранить за ним должность командующего армией. Но Амр отверг такое предложение и покинул Египет со словами: «Я буду человеком, который держит корову за рога, пока кто-то другой ее доит». Военные способности Абдаллы были намного ниже умения изобретать новые налоги; поход в Нубию в 651 году оказался неудачным, арабов легко прогнали местные лучники, и граница устойчиво закрепилась в районе Асуана.