Мариэтт теперь занимал завидную должность. Он стал единственным археологом, имеющим право на проведение в Египте раскопок. Его находки отправлялись на хранение в новый Национальный музей. Но ученого тоже есть за что упрекнуть. Список его ошибок очень велик. Он работал слишком быстро, сразу в нескольких местах, раскопав в итоге 35 участков. Печально, но он практически не делал записей и не обращал внимания на стратиграфические особенности местности, разделял коллекции, разрешал своим людям, не имеющим необходимых знаний, неделями работать без надзора и даже пользовался взрывчаткой взорвал вход в «Серапеум». Тем не менее, назначение Мариэтта оставило важный след. В первый раз кто-то взял на себя ответственность за наследие Египта. К сожалению, финансировалась эта достойная работа слишком скудно.
Мариэтт был человеком с сильными убеждениями. Одним из них было «молчание» пирамид. Прежде в пирамидах текстов не находили, и египтяне полагали, что и не найдут. Только высший класс, те, кто мог позволить себе строить дорогие каменные гробницы или усыпальницы, вырезанные в скале, гравировали для потомков свою автобиографию на стенах. Открывать пирамиды и искать несуществующие тексты было просто тратой времени и денег. Все знали, что цари навеки замолчали в своих могилах.
Затем, в начале 1890-х г., в изучении гробниц произошла революция. Царь 6-й династии Пепи I построил пирамиду на юге Саккары. Эта пирамида, лишенная большей части своих камней, в течение многих лет была лишь бесформенным строением. Совершенно обычная снаружи, она была изучена Джоном Шэ Перрингом, который не заметил ничего необычного в темной и захламленной мусором пирамиде. А затем, в один прекрасный день:
…
Лиса нашла текст, выгравированный в пирамиде. Самые старые гробницы все равно были немы, а вот в пирамидах позднего периода Древнего царства были найдены надписи – заклинания и тексты, которые должны были помочь усопшим царям 5-й и 6-й династий возродиться. Известно свыше 700 заклинаний, относящихся к разным владельцам пирамид. Но мода эта была скоротечна. Уже во времена Среднего царства цари отказались от гравировки в усыпальницах текстов, возможно, из-за того, что теперь заклинания стали писать на их (ныне утерянных) деревянных гробах.
Мариэтт умер в Каире всего через две недели после начала экспедиции братьев Бругш и был похоронен в огромном саркофаге в саду Каирского музея. Его преемником стал Гастон Камил Чарльз Масперо, профессор египтологии Французского колледжа в Париже и основатель Французской археологической школы в Каире. Масперо работал на генерального директора «Службы древностей» и возглавлял Булакский музей с 1881 по 1886 и с 1899 по 1914 гг. Это был большой энтузиаст, который, наряду с многочисленными научными публикациями, занимался каталогизацией быстро растущей коллекции музея.
Он работал в трудные времена. В 1879 г., почти обанкротившись из-за непомерных трат хедива Измаила, Египет перешел в подчинение Англии и Франции. Англия отвечала за финансирование, а Франция следила за порядком и культурным наследием. В 1882 г. Ахмед Ораби возглавил националистический бунт, который привел к тому, что Англия объявила военный режим. Французы, тем временем, оставили за собой контроль над вопросами культуры, включая археологию. По традиции генеральным директором «Службы древностей» всегда был француз, и, в конце концов, это послужило поводом для конфликтов с английскими археологами. Ha официальные раскопки выделялось слишком мало денег, а спрос на предметы древности был просто ненасытным. Все больше раскопок стало носить неофициальный характер, а Египту грозило лишиться всех своих сокровищ.