Междоусобные войны между деревнями, хотя не такие свирепые, как в римские времена, до сих пор нередко происходят в сельском Египте. Страбон также отмечает ненависть жителей Дендеры к священному животному Ком-Омбо: «Здесь население, в противоположность прочим египтянам, относится с особым отвращением к крокодилу, для них он – самое ненавистное из всех животных. Хотя прочие египтяне знают злость крокодила и насколько это животное вредоносно для человеческого рода, однако они почитают его и воздерживаются обижать; жители же Тентиры, напротив, всячески выслеживают и истребляют крокодилов… у жителей Тентиры такая «неуязвимость» против крокодилов, что они ничуть не страдают от них, но даже бесстрашно ныряют и плывут сквозь кишащую крокодилами воду, на что никто другой не осмелился бы».
Культу крокодила присущи интересные особенности. Видимо, он был изначальным верованием всего Египта, кроме, может быть, Файюма, куда культ мог прийти из Дельты, поскольку Себек, файюмский бог-крокодил, звался сыном дельтской богини Нейт. В исторические времена Себек был верховным божеством Файюма, исключавшим всех других местных богов. В Верхнем Египте крокодила отождествляли с первобытным богом Сетом, и, когда культ Сета вызвал вражду со стороны поклоняющихся Осирису, крокодил как бог многих областей Египта приобрел дурную репутацию. Это животное само по себе достаточно опасно, чтобы вызывать почтительный страх. Умение лежать притаившись, неотличимым от бревна, выброшенного на берег реки, а затем молниеносно нападать, невероятная сила и крепкая шкура превращают его в коварного и грозного врага. Он одинаково хорошо чувствует себя как в воде, так и на берегу, преодолевает большие расстояния в обеих стихиях и в свирепости не имеет равных среди других хищников. Нет спасения тому, кто попал ему в пасть, будь то человек или зверь. Неудивительно, что, испытывая страх перед ним, племена, населявшие долину Нила в древности, пытались умилостивить его, как и многие другие первобытные люди, видимо полагая, что, став тотемом, животное перестанет пожирать их. До появления на Ниле паровых катеров река кишела крокодилами, которые взимали тяжкую дань с людей и животных. Участок реки между Сильсилем и Ком-Омбо был излюбленным местом этих тварей, и Фэрхолт говорит об «изобилии крокодилов, которыми здесь кишит река, так что можно увидеть, как они целыми выводками всех возрастов и размеров греются на солнечных песочных островках в середине реки». В Сильсиле до сих пор, как и в давние времена, протягивают цепь между двумя скалами, находящимися по обе стороны реки, говорят, что благодаря этой цепи задерживают крокодилов, не давая им пройти узкий пролив.
В мифе о Хоре Эдфу союзники Сета превратились в крокодилов, чтобы скрыться от ярости крылатого диска. В основе этой легенды лежат древние племенные войны, в результате которых местных крокодилопоклонников (Сет) победили племена соколопоклонников (Хор) Эдфу. Современный Ком-Омбо, хотя и был центром крокодилопоклонства в римские времена, это все же не Омб Ювенала. Город, о котором рассказывал Ювенал, находился у современной Накады, которая соседствует с Дендерой на севере и с древнейших времен была центром культа Сета.
Храм Ком-Омбо необычен – он двойной; восточная половина посвящена Себеку, западная Хору, и каждая сторона является как бы отражением противоположной, причем обе эти половины ничем не разделены. Большая часть храма лежит в руинах, но и по тому, что осталось, можно оценить красоту архитектуры Птолемеев. Здание стоит на невысоком холме, глядящем на реку, где Нил поворачивает с юга на запад. Сбоку на храм наступает песок, с другого его подмывает вода, обе стихии вместе оставили от сооружения, когда-то бывшего размером с дендерский храм, не более чем «великолепный торс». Фэрхолт замечает, что «течение здесь очень быстрое и сильно бьет о восточный берег». Поэтому сейчас храм стоит у края воды, хотя строился на некотором расстоянии от нее; русло Нила явно несколько изменилось, и река залила равнинный участок ниже здания.
Во многих местах со стороны берега до сих пор сохранилась кирпичная ограда. Ее прерывают каменные ворота, на восточной стороне которых находятся картуши Хатшепсут и Тутмоса III, сообщая, что большой храм стоял на этом месте уже во времена XVIII династии.
Так как входной пилон практически исчез, снесенный рекой, посетитель попадает прямо во внешний двор (А). Двор сильно разрушен; от крытой колоннады с трех сторон остались только фрагменты. Когда-то в середине двора стоял алтарь, теперь на его место указывает квадратное основание с гранитными желобами для стока крови жертвенных животных. От двора начинается внешняя галерея (В), окружающая часть храма, предназначавшуюся для совершения таинств.