Сводя счеты с бывшей фавориткой, королева-мать, несомненно, получала некоторое удовольствие, однако у нее было слишком много насущных забот, чтобы лелеять мстительные чувства к увядшей прелестнице. Нового короля вряд ли можно было назвать сильным. Он проявлял к Екатерине искреннее уважение и сыновнюю любовь, но сам нуждался в защите от чрезмерного влияния Гизов и молодой жены, перед которой преклонялся. Он выказывал мало интереса к управлению страной и большую часть времени проводил на охоте либо же в других спортивных развлечениях, которым его слабое здоровье столь явно не соответствовало. Вообще, здоровье его было предметом постоянных тревог. Короля часто преследовал упадок сил и приступы головокружения, из носа у него вечно текло, бедняга тяжело дышал из-за перенесенных в детстве респираторных инфекций. К тому же — и это было куда важнее для Марии и Гизов — Франциск, по-видимому, страдал определенным изъяном: его яички в период полового созревания не опустились, и поэтому он вряд ли мог стать отцом (а может быть, и вообще не был способен к половой жизни).
Несмотря на очевидные физические недостатки, Франциск с детства привык вести себя так, что никто не усомнился бы в его происхождении. Пожалуй, как раз эти изъяны заставляли его пытаться вести себя с большим достоинством, правда, получалось так, что он выглядел помпезным, и только. Он питал слабость к внешнему показному блеску и одевался в роскошные костюмы, что, впрочем, нисколько не скрывало его жалкий вид. Слабость тела раздражала и выводила его из себя, заставляя впадать в ярость, доходящую до припадков. Крайне застенчивый во всем, что не касалось охоты, он, казалось, был только рад переложить на чьи-нибудь плечи тяготы правления. Большой официальный совет лишь единожды собирался в полном составе в 1560 году; реальной властью обладали Гизы и Екатерина, устраивавшие тайные встречи в покоях короля. Франсуа Гиз взял на себя ответственность за все военные дела, а его брат, кардинал Лотарингский, занимался внутренними и внешними связями.
Похороны Генриха II проходили с 11 по 13 августа 1559 года. Король был погребен рядом со своими предшественниками в Сен-Дени, где всего двенадцать лет назад короновалась Екатерина. Юный король, одетый в черный бархат, короновался в Реймсе 18 сентября. Сырая ненастная погода была гармоничным фоном для этой церемонии, весьма скромной, ввиду недавней трагической кончины Генриха. Мария, уже коронованная королева Шотландии, не могла пройти эту процедуру дважды, однако ее претензии на английскую корону были замечены послом Трокмортоном, сообщавшим, что французы «демонстрировали гербы Англии, Франции и Шотландии, выставленные над воротами». Этот провокационный жест был тут же отмечен английской королевой. Притязания Марии на трон Англии основывались на том, что вопрос о законности женитьбы Генриха VIII на Анне Болейн так и не был решен до конца, а значит, законность прав Елизаветы в глазах католической церкви оставалась сомнительной. Если Елизавета рождена вне брака, значит, она не может править, таким образом, трон должен перейти к Марии.
Франциск удостоверился, что его мать снабжена всем необходимым, и 15 августа 1559 года издал указ, повелевающий сделать жилище Екатерины «наиболее богатым и пышным, какое только возможно для вдовствующей королевы». Он положил ей годичный пенсион в 70 тысяч ливров и, среди прочей собственности, передал ей замки Виллеркотрэ и Монсо, а также герцогство Алансонское. Кроме того, король даровал матери право на половину всех платежей за утверждение должностей, феодов и привилегий с начала нового правления. Подчеркивая важность Екатерины, все официальные акты юного короля открывались словами: «К удовольствию королевы, моей госпожи-матери, а также, прислушиваясь к ее мнению, я повелеваю…» Мария комментировала в своем письме к матери в Шотландию: «Пожалуй, если бы король, ее сын, не был столь покорен ее воле, она бы вскоре умерла, что явилось бы ужасным несчастьем для этой бедной страны и для всех нас». Для того чтобы никто не забыл об ее тяжелой утрате, королева-мать выбрала новый девиз, заменив прежнюю радугу. Отныне ее эмблемой станет сломанное копье со словами: «Lacrymae hinc, hinc dolor» («отсюда — слезы мои и моя боль»). До конца жизни она отказывалась заниматься делами по пятницам — в день несчастного случая с Генрихом.
Екатерина оказывала новой королеве почет и уважение. Она передала Марии драгоценности Короны, присовокупив к ним те, что принадлежали лично ей. С невесткой она была безукоризненно вежлива, никогда не обращалась к ней иначе, нежели с добротой. Говорят, Мария в разговорах с людьми любила подчеркнуть, что происхождение свекрови куда ниже ее собственного, она всего лишь дочь купца. Если Екатерина и слышала подобные замечания, она предпочитала не обращать на них внимания. Но и не забывала. Кроме всего прочего, королева-мать выглядела куда более царственной в своих строгих черных нарядах, подчеркивающих вдовье достоинство.