Граф Никита Панин в октябре 1763 года был формально назначен главным членом Коллегии иностранных дел, и он же в первую очередь влиял на проведение русской внешней политики. Это означало, что он активно исполнял обязанности канцлера — но Екатерина не собиралась давать этого звания ни ему, ни кому-либо другому в своей администрации, делая таким образом ясным для своих придворных и чиновников, что основная власть во всех сферах принадлежит ей. Роль существующего канцлера Михаила Воронцова постепенно уменьшалась, пока фактически не свелась к нулю, и он никогда больше не был официально заменен.
Несмотря на значительные обязанности в сфере иностранных дел, Панин сохранял также пост воспитателя Павла, или, согласно формальному титулованию, являлся великим магистром двора великого князя. Это обеспечивало ему надежное положение при дворе и апартаменты в различных императорских дворцах. Его двойная роль приводила, однако, к досадным проволочкам в ведении иностранных дел, как объяснял Бэкингем графу Сэндвичу:
Через много лет, уже после смерти Панина, Екатерина рассказала Фридриху Мельхиору Гримму следующий анекдот:
Екатерину и Панина объединяли рабочие отношения, при которых каждый продолжал настороженно относиться к другому, прекрасно зная о его одаренности. И каждый постоянно пытался взять верх. Императрица уже в первые годы правления понимала, что этого человека необходимо держать возле себя — иначе он станет мощным центром оппозиции.
12 ноября Екатерина издала декрет о создании Медицинской школы, задачей которой было распространение медицинских услуг среди всего населения и увеличение количества русских докторов и другого медицинского персонала, а кроме того — установление надзора за работой аптек. Первым президентом школы стал барон Александр Черкасов.