«Беглый казак Емельян Иванов сын Пугачев <…> собрав шайку подобных себе воров и бродяг из яицких селений, дерзнул принять имя покойного императора Петра III <…> мы, прилагая всегда неусыпное попечение о внутреннем душевном спокойствии каждого из наших верноподданных… объявляем, что к конечному истреблению сего злодея, приняли мы немедленно все достаточные меры, и с числом войск, довольным на искоренение толпы разбойников, которые отважились уже нападать на бывшие в той стороне малые военные команды и умерщвлять варварским образом попадавшихся в их руки офицеров, отправили туда нашего генерал-аншефа, лейб-гвардии майора и кавалера Александра Бибикова».
Две недели спустя, после того как из новых рапортов Екатерина узнала о расширении бунта, она решила, что восстание больше нельзя скрывать от общественности. Чтобы объяснить свое решение, она написала новгородскому губернатору:
«Оренбург уже два месяца осажден толпой бандитов, которые творят ужасающую жестокость и разорения. Генерал Бибиков отправляется туда с войсками… чтобы побороть этот ужас XVIII столетия, который не принесет России ни славы, ни чести, ни прибыли, но, наконец, с Божиею помощью надеюсь, что мы возьмем верх, ибо на стороне этих каналий нет ни порядка, ни искусства: это сброд голытьбы, имеющий во главе обманщика столь же бесстыдного, как и невежественного. По всей вероятности, это кончится повешениями. Какая перспектива, г. губернатор, для меня, не любящей повешений! Европа в своем мнении отодвинет нас ко временам Ивана Васильевича – вот та честь, которой мы должны ожидать от этой жалкой вспышки».
Прибыв в Казань в конце декабря, Бибиков увидел, что ситуация оказалась гораздо серьезнее, чем она виделась из Санкт-Петербурга. По его оценкам, сам по себе Пугачев был не так уж и страшен, но как символ растущего в народе недовольства имел огромное значение. Войска Бибикова быстро атаковали, чтобы освободить Оренбург, который находился в осаде целых шесть месяцев и испытывал серьезную нехватку продовольствия. Пугачев держал удар со своей девятитысячной армией и тридцатью шестью пушками, но исход битвы решила профессиональная артиллерия регулярной армии. Пугачев был разбит, четыре тысячи его людей оказались в плену, а «Петр III» поспешно ретировался в Берду. Осада Оренбурга закончилась.
В штабе Пугачева в Берде его офицеры и последователи были готовы обратиться в бегство, но они прекрасно знали, что убежать могут лишь те, у кого имелись лошади. «Предоставим крестьян судьбе, – поступило предложение. – Простые люди не бойцы, они просто овцы». 23 марта Пугачев покинул штаб в Берде, взяв с собой две тысячи людей и бросив оставшуюся часть армии. Разросшаяся армия Бибикова вошла в Берду в тот же день. Однако ситуация изменилась после того, как Бибиков, благодаря которому и была одержана победа, неожиданно слег с лихорадкой и умер. Опечаленная Екатерина посчитала, что подчиненные ему офицеры должны завершить задачу. Пугачев исчез на Урале.